福建省福清第三中学发轫于清代光绪十八年（1892年）牧师方鲍参创建的福清培元书院。其后，学校曾先后易名为融美中学堂、私立融美初级中学。1952年11月28日人民政府接办学校，又历经福清第二初级中学、福清第三中学、福清龙田中学的传承演变，1986年5月定名为福清第三中学。改革开放以来，学校快速发展，成为福清市培育人才的一个摇篮而享誉于海内外。

镶嵌在龙高半岛福清湾突出部的一颗璀璨明珠--龙田镇，是福建省的一个沿海大集镇。福清第三中学就坐落于这个镇的东北端。120年来，学校与祖国共沉浮，同命运，走过艰难而曲折的道路，历经创始、发展、新生、昌盛、挫折、恢复、腾飞七个阶段。

1978年12月，中共十一届三中全会在北京召开。三中全会之后，中国共产党掌握了拨乱反正的主动权，使我国在经济上和政治上都出现了良好的形势。国运昌则校运兴。是年，中共福清县委研究决定批准该校为福清县重点中学。此后，该校进入了一个校史发展的新时期。
1979年，学校党支部积极落实知识分子政策，平反冤假错案，调动教职员工的积极性。至1979年10月底，龙田中学历时17个月的平反冤假错案工作宣告结束，许多蒙冤已久的教职工从此获得新生，扬眉吐气。
1980年9月，林长贤任该校第一副校长。同年，四层全石结构教学楼竣工。1981年10月，林长贤任校长，叶伦柳专任党支部书记。1981年1月9日，学校召开了首届首次教代会，决定提倡“团结、力行、求实”的校风，“乐育、爱生、勤教”的教风和“尊师、守纪、勤学”的学风。此后，该校的民主管理成为学校科学管理的重要组成部分。与此同时，学校初步建立了教职工岗位职责制度，使学校静态管理有章可循。学校领导倡导发扬“文革”前浓厚的学术传统，加强教学常规管理，并开展试验班教学改革活动，办学质量得到了逐步提高。
1982年6月20日，该校成立了九十周年校庆筹备委员会。同年11月28日，海内外1000余位校友团聚母校，欢度九秩校庆。历尽沧桑，师恩难忘。在九十周年校庆之前，印尼侨胞陈谋忠、何桐朝、陈国安等校友先后返校商议筹建“永香楼”，以表达对薛永香先生的无尽爱戴。倡议既出，海外校友和乡亲纷纷响应支持，乃于校庆日举行“永香楼”奠基仪式，并于1984年9月竣工剪彩，投付使用，使该校的电教、实验教学有了重要的“硬件”基础，也为后来每十年一度的校庆活动广募资金建设校园首开先河，树立榜样。
1984年9月，林长贤校长年老退居二线，至1987年正式退休。1984年10月，中共福清县委宣传部为该校系统配置了领导班子，施祖振任校长，叶伦柳继续任党支部书记，林惠吉继续任党支部副书记、副校长，施孟兴任副校长。1986年3月，何心兴任党支部副书记。1989年，林惠吉、何心兴专任或改任副校长。　1992年，叶伦柳书记退休，施祖振、王钦法先后分别任党支部书记、副书记。1995年、1996年、1998年，王钦法、俞建枝、薛经敏先后任副校长。1986年5月16日，该校恢复校名为福清第三中学。1991年10月确定校名为福建省福清第三中学。
从80年代中期到90年代后期，福清三中以“发扬传统，改革开拓，加强管理，奋发进取”为指导思想，办学条件空前改善，办学水平取得突破性的提高。继1984年9月“永香楼”落成之后，在海内外校友、乡亲，社会各界人士和上级政府的大力帮助下，至1999年，教工住宅楼4幢，学生住宅楼2幢（其中“港友楼”为香港校友会捐助建设），元洪教学大楼1幢（林绍良、林文镜名誉校友捐助建设）、图书馆（印尼校友捐建）、美贵楼（余美贵、余秀明校友独资捐建）、蔼如堂（台湾余乃焜校友独资捐建）、师生食堂等相继建成，投付使用，新建校舍总面积共24050平方米，总造价730余万元人民币。1993年11月10日，中共福清市委宋克宁副书记、龙田镇党委游美兴书记在该校召开现场办公会议，决定征用土地43亩为该校建设体育场。1997年秋，后山体育场填土和围墙项目工程竣工。至此，学校校园总面积为74459平方米（约111.7亩），校舍总面积为29397平方米。
1990年11月9日，印尼侨领林绍良、林文镜先生访问该校。百年校庆前夕，施祖振校长和林惠吉副校长远赴印尼，施孟兴、何心兴副校长，林永泰、王钦法主任等造访香港，在校庆筹委会名誉主席林绍良和校友余孔水、薛尔国等大力推动下，募资兴学，建设校园。1992年11月28日，隆重举行100周年校庆活动，海内外校友1000余位欢聚母校，共襄母校发展大计。“百年校庆纪念碑”，铭刻着耕耘者的丰功和校友的奉献，象征着福清三中腾飞与希望。
为了弘扬融美中学的优良传统，为所在地区义务教育作出更多贡献，该校于1994年筹办福清私立融美初级中学，秋季招收初一新生2班。1996年7月，决定与福清三中福州校友会联办；同年12月，福州市教委批复同意创办福清私立融美中学，林惠吉任校长。至2003年，该校已拥有12个班级的办学规模，良好的办学质量得到了社会各界的公认。
新时期的福清三中，以“求实、创新、团结、进取”为校训。学校领导努力提高自身的政治道德、文化业务能力和组织管理等方面的素养，并坚持方向性、系统性、民主性、程序性等原则科学管理学校，求实务实，改革开拓。这些领导作风成为优良校风的风源。校长施祖振先后获得福建省庄重文优秀校长奖和全国优秀教师称号。在教师中，学校党政和教育工会通过经常性的政治思想教育和师德教育，使热爱学生、诲人不倦成为良好教风的精髓；以身作则，为人师表，成为良好教风的重要内容。良好的领导作风和教风，带出了良好的学风。学校精神文明建设成果卓著，荣膺福建省第五届、第六届文明学校的称号。百年名校的优良传统不断发扬光大，尊师重教蔚然成风，1992年10月中国国际广播出版社出版了该校百年历史上的第一部校志，1995年11月成立了福清三中离退休教工管理委员会。1989年5月，该校破格参加福建省普通中学办学水平评估，成绩优秀。1991年3月，经福建省教育委员会审批予以注册登记。1991年9月24日，福建省教育委员会郑玉森副处长率全省各地市教委中教科科长莅临该校，进行定级达标复查验收。　1991年10月5日，福建省教育委员会正式确认该校为“福建省普通中学三级达标学校”。1996年6月，学校又晋升为“福建省普通中学二级达标学校”，进入了一个更高层次的办学时期。
1999年，学校大部分校级领导先后退休或调动工作；9月，中共福清市委组织部决定王钦法任校长；其时，薛经敏继续任副校长。2000年5月，薛从华任副校长；6月，王钦法兼任党支部书记。1999年12月，学校六届三次教代会审议通过了《1999～20002年学校发展规划》，提出了“依法治校，科研兴教，民主办学，廉俭持校”的办学思路，随后学校领导班子又提出了“建设优良校风、优秀师资、优美校园、优越装备，深化优质管理，再创优异业绩”的办学策略。此后，新校门、图书馆广场、校园网第一期工程建设相继竣工。 2001年2月，以94分优秀成绩顺利通过福建省“二级达标”中学复查验收；9月，实行初、高中分设办学，自2003年秋季起，学校将成为一所优质高级中学。2002年6—7月，王钦法校长同薛经敏副校长赴北京、西安访问校友，随后又同薛从华副校长、李云华校友赴香港、印尼雅加达、泗水、三宝垄等城市访问校友和乡亲，劝募110周年校庆建设资金。11月，由香港校友捐助修缮的百年老屋石厝楼竣工，恢复原名“柯琳·约翰逊纪念堂”；由印尼校友捐助改建的南洋楼，以及教工集资建设的宿舍楼工程竣工，70户教工喜迁新居；由韩国龙校友资助建设的国龙科学楼竣工，为“一级达标”打好新的“硬件”基础；该四项工程建设总面积为11731平方米，总造价800余万元。《福建省福清第三中学110年》画册、《福建省福清第三中学师生名录》和《福建省福清第三中学大事记》付梓出版。学校被推荐为福建省第八届“文明学校”，被批准为全国教育科学“十五”规划重点课题《综合实践活动及其师资建设》实验学校，全国教育科学“十五”规划“整体构建学校德育体系的深化研究与推广实验”国家重点课题实验学校，福州市现代教育技术实验学校。11月30日，隆重举行110周年校庆活动，海内外1000余位校友欢聚母校，共策母校新世纪的发展大计。
党的十一届三中全会以来，该校共历24届。累计各年学生数达55541人，占建校110年来累计学生总数95482人的58.17%。24届初中毕业生共8830人，高中毕业生共7004人，总计凡15834人。高中毕业生中有3117人升入高校深造。自“二级达标”以来，各届高中毕业生参加高考上录取线比率达90%以上。可以说，龙高地区凡有村落，其出类拔萃者大抵都有福清三中毕业生。
横跨三个世纪的时空，在近千位教职员工的辛勤哺育下，该校学生共历108届，各学年累计人数凡95482人。其中1951年前共历60届，累计学生人数共7508人。平均每年在学约125人；1952年人民政府接办后至1992年共历38届，累计学生人数共68025人，平均每年在学约1790人；近10年来累计学生人数共19949人，平均每年在学约2000人。110来，毕业生数在27238人以上。他们为祖国的繁荣昌盛，在各行各业，多有建树。旅居海外的校友，为着世界的和平进步事业和各国经贸往来做出贡献，并时刻关心着母校和家乡的发展进步，为它添砖加瓦。
三世而立，自强不息；中流砥柱，厚德载物。110年来，福清三中校园洒下了几代人辛勤耕耘的汗水，浇灌哺育了无数芳菲的桃李，参天的栋梁。在百年风雨激荡的轮回中，师生员工自强不息，是福清三中从小变大的内在动力；而全国性乃至国际化的广泛支持，则是福清三中由弱变强的外在条件。在新的世纪里，面向现代化、面向世界、面向未来的福清第三中学，将发扬优良的办学传统，秉承先进的办学理念，再育新人，再创新功！