庄河历史悠久，早在新石器时期，中华民族的先人就生息在这里。境内至今存有新石器时代的文化遗址和遗物。商属营州，周属幽州。春秋是燕国地。战国时期属燕国。秦统一全国后，袭燕国旧制，仍属辽东郡地。西汉初，地方实行“郡国并行制”，属燕国。武帝元朔元年（公元前128年），改燕国为郡，属辽东郡。东汉属幽州辽东郡；东汉末，公孙度据辽东，属平州。三国时期，属魏辽东郡西安平县地。西晋为平州辽东郡西安平县地。东晋元帝建武之年（公元317年），北方进入十六国时期，先后属前燕、前秦、后燕和平州辽东郡。东晋安帝元兴三年（公元404年），高句丽陷辽东。唐贞观二十一年（公元647年）七月，唐军拔石城（今城山）。唐总章元年（公元668年）克平壤，收复辽东，置安东都护府，庄河属之。辽时属东京道东京辽阳府。金时属东京路。元时属辽阳行省辽阳路，明代属辽东都指挥使司，西与西南部为复州卫东，西北与北部为盖州卫秀岩城地，东及东北部为凤凰城辖域。
      清初属奉天府盖平县。当时盖平县下设十二社（县下行政组织）庄河地区分属两社，西部为复来社，东部为岫岩社。清乾隆时属岫岩厅（由盛京特别行政区管辖）。清朝在盛京（现沈阳）设奉天将军与奉天将军府尹，对辽宁地区实行旗民分治，“凡满洲、蒙古、汉人八旗事务，则统之于奉天将军；凡民人事务，则统之于奉天府尹。”岫岩厅隶属于奉天将军，庄河因之。光绪二年（1876年）一月，岫岩厅改为州，隶凤凰直隶厅。
光绪三十二年（1906年），清廷根据奉天将军赵尔巽“庄河地属岫南控海之滨，左右扼制海口，适当冲要设治实属相应”的奏请，同年十月，划出岫岩州南部地区，设置庄河厅，并设庄河厅抚民同知。光绪三十三年（1907年），清政府改变辽宁地区行政建置，罢将军置东三省总督，废除“旗民分治制”。庄河厅隶东三省总督奉天省兴凤道。

       民国2年（1913年）1月，庄河厅改为庄河县，隶属奉天省东路道（1914年5月更名为东边道）。
      1931年～1945年8月，日本帝国主义侵占东北后，庄河沦为“伪满辖域”。 1945年9月9日，八路军挺进东北先遣支队解放庄河，同年9月12日，成立了中国共产党领导下的辽南地区第一个县级人民政府——庄河县民主政府，隶属安东省。1946年11月被国民党占领，1947年6月，东北民主联军收复庄河，重新获得解放的庄河隶属辽南行政公署。1948年8月至1949年5月直属辽宁省。1949年5月至1954年8月直属辽东省。1954年8月至1956年5月直属辽宁省，1956年6月划归安东省专区。1959年1月划归旅大市。1965年12月划归丹东市，1968年12月划归旅大市（今大连市）。1987年11月6日经国务院批准，列为国家边境县。1992年9月21日经国务院批准，撤县建市，属辽宁省县级市，由大连市代管。 庄河县名，启用于清朝末年。明朝以前称红崖子。清初仍称红崖子。以城北5里许天秤山南下一带土岗赤色，旭日东升，望之如一片丹霞得名。清末，易名红崖子为大庄河。嗣后，“庄河”之称始见。对庄河名称的来历有两种说法。一曰，天秤山东麓大河东岸居人逐年增多渐成村落，渔舟、商船由海溯河至此停泊装卸，因此称其为“大河庄坞”简称“大庄坞”。大庄坞船只来往穿梭，生意兴隆，人们日子过得红火。有人提出募化点钱财，选个地点修座大庙，求神灵庇佑永享太平好日子久长。这一提议为大家共同接受，庙址选在大河西岸。庙宇修好后，还少一口像样的大钟，遂派人去烟台铸钟，铸钟工匠误将“大河庄”铸成“大庄河”。一曰，“大庄河”本为今“庄河”水旧称，因县城处庄河之滨，所以，取其河为名。清光绪三十二年（1906年）庄河厅成立后，“庄河”作为一独立的治域名称而存在，迄今已沿用近百年。
庄河县旧名红崖子，此名来自于城北五里许天释山南边一带的土岗。此岗呈赤色，旭日东升之时，远远望去宛若笼罩在一片丹霞之中，故称此岗为红崖子。庄河地名以庄河水流于此地而命名。
光绪32年（1906年）10月，设立庄河厅。
1945年9月12日庄河县民主政府在庄河成立，隶属安东省，面积3891.76平方千米；1946年6月改隶辽南行署区；1946年11～1947年6月，被国民党军占领；1948年8月隶辽宁省，1949年5月隶辽东省；1954年8月属辽宁省；1956年2月隶安东专区；1959年1月划归旅大市；1966年3月改隶丹东市；1968年12月重新属旅大市。1992年9月21日，国务院批准撤销庄河县，设立庄河市（县级），同时撤销庄河镇。
      2000年1月26日,经辽宁省政府（辽政[2000]15号）批复同意，撤销庄河市兰店乡、石山乡，合并设立兰店乡；撤销桂云花满族乡、横道河乡，合并设立桂云花满族乡。撤销鞍子山乡、花院乡，合并设立鞍子山乡。撤销明阳镇、尖山镇，合并设立明阳镇。撤销栗子房镇、南尖镇，合并设立栗子房镇。撤销小孤山满族镇，将其所辖的12个村与吴炉镇合并，2个村与黑岛镇合并；撤销青堆镇、沙岭乡、高岭乡、塔岭满族镇，将原青堆镇与沙岭乡和高岭乡的5个村合并设立青堆镇；将原塔岭满族镇与高岭乡4个村合并设立塔岭镇；撤销大郑镇、高阳镇，合并设立大郑镇；撤销光明山镇、平山乡，合并设立光明山镇；撤销仙人洞镇，将其所辖区域与仙人洞国家自然保护区、冰峪沟旅游度假区合并。

      2001年11月1日，设立仙人洞镇，将三架山乡东马道口村、耿庙村、三架山村、李洞村和蓉花山镇小峪村划入仙人洞镇。
      2002年7月18日，辽政[2002]184号文件批复同意撤销庄河市仙人洞镇、三架山满族乡，合并设立仙人洞镇。撤销观架山乡，设立昌盛街道办事处。
2003年6月，长海县的石城乡、王家镇划归庄河市管辖，这两个乡镇是1960年9月1日由庄河县划给长海。国务院2004年9月11日国函[2004]72号、辽政[2004]261号批准：将长海县的石城乡和王家镇划归庄河市管辖。