博物馆建于1991年7月1日，现有鲸类、鱼类、贝类、海藻类、虾蟹类、棘皮动物、腔肠动物以及其它水生动物等9间陈列室，共陈列水生生物标本近3000千种。这些标本按分类系统陈列，整齐美观，既有科学性和学术性， 以富知识性和趣味性，具有 较高的教学、科研和观赏价值，也是进行科普教育的轩地。博物馆建筑整体紧密体现以“海洋”为主题的思路，利用必要的雕塑创立标志性建筑。建筑细部的处理和在内庭院中开辟一片水石，处处透露出鱼海洋为主题的浓重气氛。平面布局紧凑、集中，功能分区明确，参观流线通畅。房间布置合理，功能齐全，如考虑了为水族馆服务的水处理房间以及残疾人使用的无障碍通道等。对于建筑空间的处理很成功，在参观人流线及室内外空间穿插流动，高潮迭起，变化丰富引人入胜。

    广东海洋大学水生生物博物馆是文物标本收藏、研究、展览的机构，以其展示的直观性、形象性而肩负着普及科学文化知识的重要职能，是一个国家历史、文化荟萃之地。高校拥有博物馆就拥有了一笔重要的财富，广东海洋大学作为海洋类高等学府，如何反映水产生物的特色，让师生们能多接触千姿百态的水族呢？建立水生生物博物馆，就能“融万里海疆于一室，聚千种水族于一馆”，既包揽有海洋生物，亦容纳了淡水生物，在教学、科研和科普方面发挥积极作用。这样，广东海洋大学水生生物博物馆诞生了。
广东海洋大学水生生物博物馆于1991年7月1日正式对外开放，原湛江水产学院党委书记陆锦伦为开馆揭幕题词：“努力办好水生生物博物馆是发展水产事业的重大贡献”。1991年9月13日，湛江人民广播电台播发了本馆正式开馆的消息。