陕西省商洛中学，其前身可追溯到明朝嘉靖年间的商山书院，距今已近500年历史。明朝嘉靖15年（公元1536年），商洛道知州郗元洪在城内大云寺创设商山书院，聘请三原人马理（光禄寺卿）担任首任“山长”，延师收徒，教授程朱理学。万历十三年(公元1586)，时任知州王以孕将书院迁移于东龙山下。万历十八年（1590），时任知州苏浚又将书院迁回原址。其后百余年间，书院屡有兴废。清朝乾隆十八年（公元1753年），商州知州罗文思捐银240两，移建书院于城内东街，又捐俸银48两买地6亩，以为学田。乾隆二十年（公元1755年），又捐银120两修补完善，陕西巡抚陈文恭题其大堂额为“大有事”。其时书院屏门书有《朱子白鹿洞规》。到光绪年间，知州李素捐廉俸修城修堤，而于书院捐款尤多，志载“故学风蒸蒸，一时称盛焉”。光绪二十七年(1901)，知州尹昌龄改建商山书院为商州中学堂，是为陕西省最早的中学。
光绪二十七年（公元1901），清廷颁布“兴学诏书”，提出“兴学育才，实为当务之急”。诏书要求除京师大学堂应切实整顿外，着各省所有书院，于省城均改设大学堂，各府厅直隶州均设中学堂，各州县均设小学堂，并多设蒙养学堂。兴学令初下，各地大多徘徊瞻顾。是年八月，尹昌龄任商州知州，他毅然以全副精神筹备创办商州中学堂。他认为，“商州士风不振，弊在无书无师。书院徒存虚名，山长第拥虚座，其弊又在无款。”他深信“欲张国威，必开民智，欲开民智，必兴学堂”之理，“义当所为，嫌怨弗记”。他以商州城东街始建于明朝嘉靖年间的商山书院为校址，并且将书院西边原有的多所公祠以及士绅魏凤翙所捐一院私房划入，随后又购买张、谢、王三姓房舍，进一步扩大学堂面积。为了筹措办学经费，在提归商州前任知州张世英所集学费和清理商州学宫及商山书院原有基金和房租收入的基础上，他带头捐献俸银50两，以带动绅商富户捐款，共筹银6312两作为办学基金。为了使办学经费有稳定充裕的来源，他将龙驹寨北路骡店来往运输骡子私加帮头提归学堂，并设局征收，年增银3000多两。他亲自督修，辟堂筑舍。先后建成讲堂、藏书楼、监督厅、教习室、职员室、学生宿舍、风雨操场等200余间，共用银一万一千两。
尹昌龄十分重视教学工作。商州中学堂建成后，他亲任学堂监督，先后聘请湖北名师赵伯葳、州署幕宾寇庆煜担任总教习，王式金担任分教习，遵照湖北办学章程办理学务。他两次派人去武昌书局、味经书院购回图书八万余册，改善办学条件。据《陕西教育志资料续编记载：“至各属买书之多，则以商州直隶州知州尹昌龄为最，每书一种多至三四百部，少亦百数十部，以之饷遗多士，为益何穷……似此实心任事之员，倘蒙圣恩饬下陕西抚臣查明奏奖，以励勤事，而策其余。庶几关学之兴，指日可待。”
光绪二十八年（1902）四月，商州中学堂考录学生80余名，分甲、乙两班授课，开设伦理学、国文、经学、史学、算术、天文、舆地、掌故等课程。学堂每旬休假一天，月终试验，按等发给奖金，年终考试奖金倍加。
在尹昌龄的苦心经营下，商州中学堂由一个徒具空名的商山书院变为规模宏大、经费充裕、师资雄厚、设施齐全而名扬三秦的现代中学堂。
光绪二十九年（1903）“六月，陕西巡抚升允嘉奖尹州牧办学成绩，通令各府州县视为办学模范”。
光绪二十九年九月，兴平知县杨宜瀚调升商州知州，邀请于右任到商州中学堂任总教习。此后，于右任又邀请浦城人李仪祉、三原人茹卓亭等知名人士任教习。一时人才济济，远近闻名。1937年到1938年，在中共地下党的领导下，商州中学堂曾两次爆发学潮，学生罢课集会，游行示威，同当局进行斗争并赢得胜利。学生运动中的积极分子，如刘丹东、巩德胜、郭建都、江平、刘福会、牛星瑞等十多人，后来分别前往延安抗大、云阳党训班和陕北公学学习。其中许多同志都成了我党的重要骨干，有的驰聘疆场，转战南北，有的担任了重要领导职务，有的为革命献出了宝贵的生命。
1949年7月12日，商县解放，商洛专署秘书李正文派刘建华等同志对原教职工进行登记，县长元思逊召集所有公教人员在商县政府开会，听取地委书记、商洛军分区政委王力宣讲政策，进行短期培训，将原私立丹江中学、商县县中、商县师范和私立西北联合中学撤销，并入陕西省立商县中学。又将东关娘娘庙36庙地基划归商县中学，分别于8月25日，9月3日两次招考新生403名，召回原在校生600余人， 8月31日，委任杨希震为校长。至此，学校实现了顺利接收。
1951年六月，学校被省文教厅确定为陕西省八所重点中学之一。1954年4月，商洛专署拨款在窑头村给商中修建新校舍，翌年8月落成。1955年7月21日，商县中学搬迁至窑头新校址。这次搬迁，使学校的规模进一步扩大，为此后的发展奠定了基础。从1949年到1978年先后有杨希震、任黎、张质平、杨慎书、闫少虎等担任校长。期间虽经历了文革破坏，但仍然有8000多名初高中和师范生从这里毕业，许多学界精英、政府要员和商界新锐从这里起步走向全国。
1977年，由于文化大革命的冲击而中断了十年的中国高考制度得以恢复，中国由此重新迎来了尊重知识、尊重人才的春天。商洛中学也迎来了发展的大好机遇。学校以邓小平“三个面向”教育思想为指导，取得了丰硕的办学成果。三十年来，学校不断更新教育理念，实现了跨越式发展：校园占地百亩，总面积66667平方米，总建筑面积50000多平方米，其中有办公楼1栋，教学楼5栋，科技楼1栋，艺体楼1栋，礼堂兼饭厅1栋，学生公寓楼2栋。2000年以来，新增建筑面积24165平方米，固定资产增加2600万元，增至3700多万元。
学校现有图书84300余册，年订阅报刊杂志150余种，1440多本。有理化生实验室16个，现代教育技术专用房3000多平方米，建立了共有730个信息点的计算机校园网，并通过光缆接入因特网。有计算机380台，计算机多媒体网络教室3个，电子备课室和多媒体制作室各1个，多功能教室2个580座，为75个教室配备投影机和多媒体网络终端设备，建立了良好的现代教育技术应用环境。建立了学校“广播电台”、“天文观测台”，拥有现代远程教育教学卫星地面接收系统2套和录音、录相、刻录编辑系统。有足球场1个，标准篮球场4个，排球场2个，有满足体育教学和活动的设施、器材。2078平方米的艺体楼内有木质地面篮球场1个、画室8个、音乐教室1个、琴房5个。
商洛中学现有72个教学班，4900多名在校学生，教职工258人，教师225人。其中享受国务院特殊津贴专家1名，陕西省有突出贡献的专家1名，特级教师4名，全国优秀教师4名，省级教学能手4名；中学高级教师53人，中学一级教师88人；研究生教师13人，大学本科学历235人。
近年来，学校先后被团中央、农业部、国家科协、原国家教委、国家体委授予“活跃的中学生活先进学校”、 “实践教育活动先进单位”、 “施行国家体育锻炼标准先进单位”、 “群众性体育活动先进单位”，被国家教育部确定为“现代教育技术实验学校”，被国家教育部、北京奥组委、陕西省人民政府授予“北京2008奥林匹克教育示范学校”，被陕西省委、省政府评为“文明校园”、“未成年人思想道德建设先进集体”，被省教育厅确定为“体育后备人才试点学校”、“艺术教育示范学校”，被省教科所确定为“基础教育科研项目学校”、“心理健康教育实验学校”， “商洛中学家长学校”被评为“全国示范家长学校”、“陕西省示范家长学校”，商洛中学团委被评为“陕西省五四红旗团委标兵”。2007年9月我校被国家教育部授予“全国教育系统先进集体”荣誉称号。