干流
松花江与嫩江汇合口海拔128.22m。由汇合口至通河，干流流向东，通河以下，流向东北，经肇源、扶余、双城、哈尔滨、阿城、巴彦、木兰、通河、方正、依兰、汤原、佳木斯、桦川、绥滨、富锦、同江，于同江市东北约7km处由右岸注入黑龙江，河口海拔57.16m。干流全长939km，区间集水面积18.64万k㎡。松花江干流两岸河网发育，支流众多，集水面积大于50k㎡的支流有794条；其中50～300k㎡的有646条；300～1000k㎡的有104条，1000～5000k㎡的有33条；5000～10000k㎡的有3条；10000k㎡以上的有6条。干流落差78.4m，河流坡降比较平缓，平均为0.1‰，干流上理想的水电站开发坝址为依兰水利枢纽。干流中游右侧支流牡丹江，发源于长白山脉的牡丹岭，全长725km，落差1007m，河道平均坡降1.39‰，比降陡峻，水量比较丰富，其水能理论蕴藏量51.68万kW，占松花江干流区段理论蕴藏量的17.6%。
根据松花江干流的地形及河道特性，可分为上、中、下三段，即由三岔河至哈尔滨市为上段，上段全长240km，区间集水面积3万k㎡，河道流经松嫩平原的草原、湿地，其中三岔河至下岱吉坡降较缓，为0.022‰；下岱吉至谢家屯江道坡降0.06‰；谢家屯附 近至哈尔滨坡降o.052%。本段内支流较少，下岱吉附 近右岸有大支流拉林河汇人。
哈尔滨市至佳木斯市是松花江干流中段，河道长432km，穿行于断崖、低丘和草地之间。由哈尔滨市至通河，江道比降较平缓，为0.055‰～0.044‰，左岸有最大的支流呼兰河汇人。下行20km，江道进入长达130km的低山丘陵地带，两岸是张广才岭和小兴安岭的山前过渡带，河谷较狭，两岸为高平原和丘陵区，左岸有支流少陵河、木兰达河，右岸有蚂蚁河注入。自通河县下行约70km，进入干流上有名的“三姓”浅滩区，浅滩区长约27km，江道水面宽1.5～2.0km，坡降0.06‰～0.15‰，中、低水时期水深只有lm多，枯水时水深降至lm以下，流速只有lm/s。航运水路宽500～600m，江道中多岛屿和沙洲，并有暗礁，且有多处岩石突露水面，为松花江上有名的碍航江段。过三姓浅滩，右岸有大支流牡丹江和倭肯河汇人，左岸有汤旺河汇入，本河段水面逐渐展阔，水深也逐渐加大。佳木斯市市区附近，松花江干流较顺直，主槽宽800～1300m，水深8～11m，河道坡降0.1‰。
由佳木斯至同江是松花江干流下段，全长267km，穿行于三江平原地区，两岸为冲积平原，地势平坦，杂草丛生，河道和滩地比较开阔，水道歧流纵横，滩地宽5～10km，江道中浅滩很多。松花江干流在同江市东北注入黑龙江，整个下游河段，地势低平，历来是防洪重点地区之一。本段有梧桐河和都鲁河两大支流汇人。