截至2014年6月，滨州医学院设有临床医学院、基础学院、特殊教育学院、口腔医学院、护理学院、人文与社会科学学院、药学院、中西医结合学院、卫生管理学院、外国语与国际交流学院、继续教育学院、葡萄酒学院、康复医学院、老年医学院等14个院（系）。设有临床医学、临床医学（全科医学）、口腔医学、护理学、中医学、中医学（针灸推拿方向）、医学影像学、麻醉学、预防医学、生物技术、药学、信息管理与信息系统、法学（医事法律方向）、英语（医学方向）、应用心理学（临床心理学方向）、统计学（卫生统计学方向）、公共事业管理学、劳动与社会保障、医学检验、眼视光学、康复治疗学、市场营销、特殊教育、听力与言语康复学、生物制药、葡萄与葡萄酒工程等26个本科专业（方向）和临床医学、护理2个专科专业。

截至2014年6月，滨州医学院有国家特色专业建设点4个、省级特色专业8个、省级精品课程31门、省级教学改革试点课程3门、省级双语教学示范课程1门、省级实验教学示范中心3个、省级人才培养模式创新实验区1个，有教学医院10所、实践教学基地100余所、教学实习用床位26000余张。