1986年，万源县宣传国家《义务教育法》，继续贯彻县政府《关于试行教育部<关于普及初等教育的基本要求的暂行规定>的意见》，坚持“分级办学，分级管理，分级负责”的原则，确立“一年试点，三年普及，一年扫尾”工作方针，将实施普及初等教育和消除中小学危房工作纳入县、乡、村和教育行政部门目标管理，采取法制、行政、经济和教育等措施，筹措资金，改造校舍，改善办学条件，严禁乱收费，消灭学生流失因素。是年，小学入学率94.5%，巩固率98.1%，毕业率92%，普及率75.5%。1989年，全县开展集资办学工作，集资209万元改造中小学校舍，学校危房占校舍总面积的0.67%，达到基本消除中小学危房的标准。小学入学率98.2%，巩固率98.5%，结业率85.7%，普及率91.4%，经省地验收合格，提前一年实现普及初等教育（简称普六），受到省政府表彰。 1990年，太平镇、秦河乡、红旗乡、青花镇实施初等义务教育。1990—1993年，全县建成合格中心校51所，乡镇中心校推行校长负责制。1997年12月上旬，市政府对井溪、丰桶等24个乡（镇）的“普六”工作进行评估验收，12个乡基本合格，12个乡基本达到“普六”要求，全市60.8%的乡（镇）、占总人口66.1%的区域完成初等教育普及任务。1998年，市政府下发《关于做好控制、回收中小学流失学生工作有关问题的通知》，加大《教育法》、《义务教育法》宣传力度，治理学校乱收费，落实特困学生、下岗贫困职工的子女学杂费减免工作，小学辍学率控制在1%内。同时，全市贯彻实施素质教育，减轻学生课业负担，完善基础设施，让学生进得来，留得住，学得好，实现普及九年义务教育（简称普九）目标。2000年，全市完善“普九”软硬件，加大教育改革力度，太平镇小学实行“国有民办”的办学模式，农村56所村校转制，实行租赁承包，37所村校撤并。是年，小学入学率99.8%，辍学率0.33%，毕业率99.65%，15周岁人口中初等教育完成率99.5%，15周岁人口文盲率0.39%。

2001年，党政、教育行政部门、学校齐抓共管控制学生流失（简称控流）工作，深入学习宣传义务教育法律法规，坚持以财政拨款为主，多渠道筹措教育经费，继续改造危房，以教育基金、学校减免、社会捐资、其它赞助等形式，帮助贫困子女返校就读。同时，贯彻《社会力量办学条例》，启动“民办教育”工程。2004 年春季，万源市开始实施义务教育阶段“两免一补”（对贫困学生免收杂费、免收书本费、补助寄宿生生活费）政策。

2005年，全市教育工作重点为发展农村教育，抓入学，控辍学，落实进城务工农民子女和农村“留守儿童”接受义务教育。市教育局坚持“撤小、合近、扶弱、并差”原则，撤并村校，小学高年级学生集中乡镇中心校就读。实行教师全员聘任制，推行小学校长竞聘制。是年，全市在校小学生61640人，7—12周岁适龄少儿入学率99.78 %，辍学率0.34%，15周岁人口非文盲率100%。