1986年，全县在“教育必须为社会主义建设服务”思想指引下，坚持“三个面向”（教育要面向现代化、面向世界，面向未来），贯彻执行《中共中央关于教育体制改革的决定》。是年，单设区中学5所，乡附设中学12所，在校初中生10766人。按照县政府规划，实施九年义务教育，进一步落实分级办学责任，有条件的乡将初中和中心小学校分开。1988年底，全县单设初中8所，37个乡附设初中，在校初中生13659人。1989年，为缓和小学毕业生升初中难的矛盾，全县挖掘潜力，发展初中。城区办太平中学，乡（镇）分设乡初中3所，在校初中生15009人。县文教局颁发《万源县全日制中学学生学籍管理暂行办法（试行稿）》，中学按计划招生，严格学籍管理，在学校管理体制上实行校长负责制。1991年，县政府制定《万源县教育事业发展十年规划和“八五”计划》，实施九年义务教育，发展乡单设初级中学，扩大区中学规模，创建合格初级中学。 1995年，市政府颁发《关于在本世纪末普及九年义务教育和扫除青壮年文盲的决定》，确定2000年前九年义务教育目标和任务。市政府成立市普及九年义务教育领导小组，市长任组长。坚持分区规划、分类指导、分类实施、先易后难的原则，调整校点布局，扩大学校规模，提高办学效益，实施“国家贫困地区义务教育工程”，采取市级领导划片包干，责任到人，解决少年儿童入学难的问题。是年，八台乡、太平镇通过万源市政府“双基”（基本普及九年义务教育和基本扫除青壮年文盲）验收。1997年12月上旬，市政府评估验收复查青花、茶垭等32个乡（镇）的“普九”工作，“普九”复查基本合格乡（镇）12个，验收合格乡（镇）9个，达到基本要求乡（镇）11个。1998年，市政府颁发《关于做好控制、回收中小学流失学生工作有关问题的通知》，治理学校乱收费，落实特困学生、下岗贫困职工的子女落实学杂费减免工作，初中辍学率控制在3%以内。10月中旬，市委、市政府召开教育工作会议，要求全市各级领导在思想上转变有了钱才来办教育的等靠观念，转变只有财政投入才办学的观念，转变教育就是升学的观念。减轻学生课业负担，大力完善基础设施，实现“普九”目标。2000年，全市完善“普九”软硬件，加大教育改革力度，大沙等8所中小学合并成4所九年一贯制学校，部分中学实行校长、中层干部竞聘上岗。初中阶段入学率101.6%，辍学率2.52%，17周岁人口中初级中等教育完成率85.6%，毕业率97.5%。10月，省政府检查验收合格，报国务院批准，命名万源为“基本普及九年制义务教育和基本扫除青壮年文盲合格市”。

2004 年春季，万源市开始实施义务阶段“两免一补”政策，初中学生入学率102.3%，年辍学率2.99%，“两基”工作通过省政府复查验收。2005年，全市教育重点为发展农村教育，抓入学，控辍学。市教育局推进学校布局调整工作，坚持“整体规划、适当集中、扩大规模、提高效益、提升质量”的方针和“撤小、合近、扶弱、并差”的原则，重点建设青花11所单设初中和九年一贯制学校。是年，河口中学创建“达州市示范初中”、“达州市实验示范学校”，竹峪中学创建“达州市中小学实验教学示范学校”、“四川省校风示范学校”。中学实行教师全员聘任制，推行校长竞聘制。2005年，全市在校初中学生28713人，入学率为95%，辍学率为2.4%。17周岁人口非文盲率100%.