1986年，县内完全中学3所。1991年，高中教育“兼顾升学”问题，向国家输送与本地培养服务人才，坚持力所能及原则，改革中等教育机构，加强学生职业教育。1992年，万源中学高考上线133人，首次突破百人大关，达县地区行政公署副专员杨帆专门发贺电祝贺。1993年，全市完全中学增加到4所。1994年，白沙工农区中学校更名为万源市第二中学校，万源县城守中学校更名为万源市第三中学校，万源县罗文中学校更名为万源市第四中学校。1986—2000年，万源高中学校规模逐步扩大。 2001年，普通高中施行“研究性学习”课堂教学改革，培养学生的创新精神和实践能力。秋，课程设置分为必修课和选修课；从入学的高中一年级开始，高中毕业会考的科目时间改为：高一结束地理、历史、信息技术；高二结束物理、化学、生物、数学；高三上学期结束语文、外语、思想政治。2002年，全市完全中学加强学籍管理，实施教育部《全日制普通高级中学课程计划》。 2004年5月，为了扩大优质教育资源，市政府成立万源中学争创四川省示范性普通高中协调领导小组，市教育局成立“创重”办公室，并驻点万源中学指导、督促创重工作。11月，万源市中学创建“四川省中小学实验教学示范学校”成功。万源第四中学被达州市教育局认定为“达州市合格普通高中”。 2005年，全市4所完全中学坚持走“内涵发展”与“外延扩张”并重之路，加强管理，提高质量，创建特色，提高效益。1月，四川省教育厅批准万源市中学为四川省示范性普通高中。11月，万源市第三中学被达州市教育局命名“达州市校风示范学校”。12月，万源市第三中学被达州市教育局认定为 “达州市示范性普通高中”。4所完全中学实际招生2749人，比2004年增加19.4%。高中在校学生6862人，比2004年增加26.07%。报名参加普通高校招生的考生1639人，比2004年增加37.7%；录取1131人，比2004年增加5.6%。