1995年，市政府把特殊教育纳入议事日程。1996年8月，市文教局制定《万源市残疾儿童少年“九五”规划》，要求盲童（也称视力残疾）、聋童（也称听力残疾）和弱智（也称智力残疾）童（简称三残）入学率达到57%、79%、57%。9月，市文教局下发《关于抓好残疾儿童少年入学的通知》，学校负责人分管特殊教育。1997年，万源市特殊教育中心在万源市太平镇第二小学校建立，特殊教育学生6人，特殊教育专职教师2人。

全市特殊教育办学形式有随班就读、送教上门、单独办班，重点是盲童、聋童和弱智童。 2000年，三残儿童入学率82.7%，其中视力残疾66.7%，听力残疾69.4%，智力残疾86.3%，均符合“普九”要求，通过省政府“两基”检查验收。市委、政府关心残疾儿童，把特殊教育写入万源市国民经济“十一五”规划和教育“十一五”规划，与义务教育一并检查落实。2005年，全市 “三残”儿童入学115名，其中盲童28名，入学率82%；聋童7名，入学率85%；弱智儿童80名，入学率90%。