在外修行了两年半的鸣人回来了。但此时的“晓”也开始蠢蠢欲动，已经成为砂忍者村风影的我爱罗被“晓”成员迪达拉和蝎掳走。鸣人和卡卡西小组为了救出我爱罗而前往砂忍者村，并找出了“晓”的根据地，但我爱罗已经被抽离尾兽而死亡。愤怒的鸣人不顾一切地追赶迪达拉，而小樱和砂忍者村的千代婆婆联手与蝎交战，最终将蝎打倒。千代婆婆牺牲自己的生命，使用转生忍术将我爱罗复活，鸣人他们回到木叶忍者村。

卡卡西由于劳累过度而住院，暗部的大和代替卡卡西带领卡卡西小组，新的成员佐井也加入了队伍。他们利用从蝎那里得到的情报，前往天地桥打听有关佐助的消息。但佐井实际上却是奉上司团藏的命令执行暗杀佐助的极秘任务，本打算执行任务的他在看到鸣人与佐助的羁绊之后改变了想法。鸣人等人终于在大蛇丸的根据地与佐助重逢，但佐助仍然不打算回心转意，还是选择和大蛇丸一起离开。而佐井则因为这一任务的契机成为了鸣人他们的同伴。

鸣人为了学得比螺旋丸更强的术而展开修行，此时“晓”的成员飞段和角都为了捕获九尾而入侵木叶，与第十班的成员交战，阿斯玛在这一战中中了飞段的咒术而牺牲。为了替阿斯玛报仇，鹿丸等人结成新的小队，与卡卡西一道向飞段和角都挑战。鹿丸运用过人的智慧打败了强敌飞段，而鸣人也终于学成了新术“风遁·螺旋手里剑”，来到战场支援，一击打倒了角都，赢得胜利。

此时佐助认为自己已经获得了超越大蛇丸的力量而突然向大蛇丸发难，破解了他的转生忍术，打倒了大蛇丸。佐助找到了大蛇丸原先的部下水月、香磷和重吾，四人组成名为“蛇”的小队，为了寻找鼬而展开行动。在此期间，佐助与“晓”的迪达拉遭遇并交战，迪达拉败于佐助手下，为了证明自己的艺术而自爆，佐助却躲在了万蛇的体内而躲过一劫。迪达拉的队友、戴着面具的“晓”成员阿飞本以为也死于爆炸之中，但阿飞却突然在“晓”的首领佩恩面前出现，并自称为“宇智波斑”，以幕后黑手的姿态现身。

自来也为了获取“晓”的情报而潜入雨忍者村，在那里遇到佩恩和小南，并认出佩恩就是自己昔日的徒弟长门。虽然自来也启动仙人模式与佩恩六道交战，但还是不敌轮回眼的力量。自来也为了得到敌人的情报而牺牲，并让深作仙人将情报带回木叶。

佐助终于找到了鼬，和鼬展开激烈的战斗，两人各自施展自己的绝技发动攻击。佐助由于查克拉耗尽而导致隐藏在体内的大蛇丸重新现身，但鼬却利用须佐能乎手里的十拳剑封印了大蛇丸。鼬也由于早已身染重病，在激烈的战斗过后就倒地身亡。佐助也因力量耗尽而倒下，被阿飞带走，阿飞告诉了他关于鼬的真相。佐助得知了鼬想要保护自己和村子的心意，而决定毁灭木叶忍者村。佐助将“蛇”小队改名为“鹰”，为了得到“晓”的帮助而答应他们前往云忍者村捕获八尾。

鸣人得知自来也战死的消息而大为悲痛，为了替自来也报仇而决定前去妙木山修炼仙术。此时佩恩六道突然对木叶忍者村发动攻击，并几乎将村子毁灭了，连卡卡西也在和天道的交战中牺牲。学成仙术的鸣人回到村子，接连打败了六道中的五人，在与天道交战中由于目睹雏田为保护自己而重伤，导致体内的九尾暴走，此时鸣人的父亲第四代火影突然出现在鸣人的精神世界中，阻止了九尾。鸣人由于父亲的帮助而重新回到战场，打倒了佩恩天道。鸣人找到了佩恩们的本体长门所在的位置，说服长门重新找回昔日的理想，长门施展轮回天生之术让包括卡卡西在内的已经牺牲的木叶村人们复活，自己也因此而死去。鸣人由于保护了村子而成为英雄，得到村人们的景仰。

雷影因为弟弟奇拉比被佐助掳走而暴怒，决定召开五影会谈以制裁“晓”。纲手在之前的战斗中由于消耗大量查克拉而昏迷不醒，团藏借机夺取了火影之位，并前往铁之国参加五影会谈。佐助为了杀死团藏而入侵会场，遭到五影的连续攻击，在千钧一发之际被阿飞救走。阿飞宣称自己将要实现“月之眼计划”，并向在场的众人宣告将要发动第四次忍界大战。佐助则在那之后追上了逃离会场的团藏，在一番战斗后将团藏杀死。

为了准备即将到来的大战，并保护八尾和九尾，鸣人被送往云忍者村准备的秘密基地，在那里遇到八尾人柱力奇拉比，并向他学习控制九尾的方法。鸣人在精神世界中遇到母亲玖辛奈，玖辛奈告诉了他关于他出生那天发生的事情，以及九尾入侵木叶的真相。鸣人在母亲的帮助下成功地控制了九尾，并得到了新的力量，察觉到了暗中潜入此地的鬼鲛的存在。打算逃走的鬼鲛与阿凯交战，被阿凯打倒，为了守护情报而自杀。

阿飞为了夺取轮回眼来到雨忍者村，并杀死了一心守护长门遗体和轮回眼的小南，更和获得大蛇丸力量的兜联手，以兜的秽土转生大军和阿飞的白绝大军发动了战争。五大国的忍者们也团结一致，组成忍者联合军，第四次忍界大战终于开战。鸣人在修行期间察觉到了外部的战争，和奇拉比一同赶往战场，而佐助也在移植了鼬的眼睛之后赶往战场。

秽土转生的忍者们和白绝接连被打倒，这时兜突然把真正的宇智波斑利用秽土转生召唤出来。五影为了对付斑而一同赶到战场，鸣人和奇拉比则与阿飞和人柱力军团展开战斗。佐助在赶往战场的途中与秽土转生的鼬相遇，为了向鼬询问当年的事情而追赶鼬，和鼬一同来到兜的根据地，两人联手打倒了兜。鼬解开了秽土转生之术，和佐助告别，而佐助则为了寻找答案而利用大蛇丸的咒印复活了大蛇丸，和“鹰”的成员一起前往木叶忍者村，利用秽土转生之术使历代火影复活。佐助从初代火影那里得到了自己想要的答案，希望能守护鼬的意志，而和历代火影一同赶往战场。

阿飞的面具在鸣人等人的奋战之下被打碎，众人也发现阿飞的真实身份竟然是卡卡西的昔日好友宇智波带土。带土当年在大战期间死里逃生被斑所救，由于目睹卡卡西杀死琳的瞬间而对世界陷入绝望，此后便继承斑的意志打算实现“月之眼计划”。带土和斑复活了集结所有尾兽力量的十尾，鸣人这边也集合联合军忍者的全部力量与敌人展开战斗，而佐助也随后赶到，昔日的第七班终于再次重聚。

带土获得了十尾之力，一度让众人陷入苦战，并打算利用十尾的本体神树发动月之眼，但在众人的奋战之下其体内的尾兽也被抽离，鸣人说服带土重新正视自己。带土在奄奄一息之时遭到黑绝的控制而发动轮回天生之术使斑完全复活，斑抽离了鸣人体内的九尾，又用剑刺穿了佐助的身体，在夺取了全部尾兽之力后成为十尾人柱力。阿凯为了打倒斑而开启八门遁甲，差一点便将斑逼入绝境，但阿凯最后还是因为力量耗尽而倒地。

鸣人和佐助在生命垂危之际见到了六道仙人，并被六道仙人赐予力量而获得了更加强大的力量。重返战场的鸣人和佐助利用六道之力压倒了斑的力量，但斑在夺回了轮回眼之后开始施展无限月读，让全世界陷入了幻术当中。鸣人、小樱和卡卡西受到佐助轮回眼须佐能乎的保护而免于一难。