宋慈其祖上为唐朝著名宰相宋璟。北宋时，宋慈的高祖宋世卿从浙江建德县来建阳任建阳丞而家居此地。父宋巩曾任广州节度推官(节度使幕府掌管刑狱的官员)，家境小康。宋慈从小受学于父，10岁时从学建阳县学者、朱熹的高弟吴稚，并得到吴稚的同窗黄干、李方子等名人指教。他重视实践，力求真知。

南宋开禧元年（1205年），他进京入太学，深得太学博士真德秀的赏识，遂拜其为师。

嘉定十年（1217年）宋慈中乙科进士，授浙江鄞县（今浙江宁波市）县尉，遇父病未赴任。

宝庆二年（1226年）始走上仕途，任江西省信丰县主簿（典颁文书，办理事务）。南宋时期的赣闽地区，民贫、地狭、人稠，人民处水深火热中，民反和兵乱频频发生。安抚使郑性之慕其有拨乱反治才，延入幕府参预军事。刘克庄饯别宋慈时写下《满江红·送宋惠父入江西幕》一词。当时，江西南部三峒里少数民族发生变乱，赣南数百里地方都很混乱，刘克庄在词中不仅希望宋慈尽快平定叛乱，好快点回家。也劝友人不要残酷镇压起义的峒民，而应采取招安的措施，需要妥善处理好这件事，宋慈听后当场允诺。[3]

后来宋慈参与了平定“三峒贼”的战役。他先赈济六堡饥民，又率兵三百大破石门寨，俘获敌酋，因战功卓著而“特授舍人”。任期届满，江西提点刑狱使叶宰聘宋慈为幕僚。