巴彦淖尔市水资源丰富，黄河自东向西横贯全区，流经磴口县、杭锦后 从河上看临河市区[3]

旗、临河区、五原县、乌拉特前旗，境内全长345千米。多年平均过境水流量为315亿立方米。河套灌区建有以三盛公黄河水利枢纽工程（包括引水总干渠）为主体的完整的引黄灌溉系统和以总排干沟及红圪卜扬水站为骨干的排水系统，引黄灌溉面积达57.4万公顷。境内湖泊资源较为丰富，有大小湖泊300多个，面积约47千公顷，多数分布于河套灌区，面积在100公顷以上的湖泊就有10个，其中位于后套平原东端的乌梁素海面积3万公顷，平均水深0.7米，最大深度2.5米，蓄水量20993万立方米。以盛产黄河鲤鱼和芦苇著称