芳村原是一片古海。
秦始皇三十三年（前214年），芳村地区属南海郡。
至明朝洪武二年（1369年），芳村分属番禺县、南海县管理。民国26年（1937年），芳村陆续划归广州市。
1950年，广州市人民政府为加强市郊农村领导，在东南郊建立新滘区，北郊建立白云区，南郊建立芳村区，芳村开始成为区一级行政单位。
1954年，中共广州市委撤消芳村区建制，原芳村区农业口并入新滘区，居民划入河南区（今海珠区）。
1957年，市政府决定，将白云、黄埔、新滘（含芳村）三个区，合并成为广州市郊区。
1958年，原属南海县的海南、海北、海中、龙溪、增滘、五眼桥及沙贝、横沙等地划归广州市，郊区进一步扩大。同年，郊区成立了鹤洞、新滘、黄埔、沙河、三元里、石井、江村、石龙、人和、太和、竹料、钟落潭、罗岗、九佛等十四个农村人民公社。原南海县之海龙围及五眼桥等地归鹤洞人民公社管辖，芳村地区由芳村镇及鹤洞人民公社两部分组成。
1960年，市政府成立芳村城市人民公社。后改芳村区，成立“芳村区人民政府”，实行区一级行政体制，但1962年又合并划归回广州市郊区。
1984年，芳村地区成立鹤洞区公所，后又改为“东漖镇人民政府”。芳村地区划分为城镇、农村两部分。
1985年，因市区发展，政府把广州市划分为八个区，即：越秀、东山、荔湾、海珠、白云、黄埔、天河、芳村。
2005年5月起，将其与旧荔湾区合并，“芳村区”行政区划取消。