钟山石窟内还保留完好的数十通碑、碣题记，既是书法佳作，也为研究考证钟山提供了佐证。同时，钟山石窟现存的山门、牌坊、萧寺宫、七级密檐式砖塔、惠善法师浮图塔，松岩法师浮图塔，以及塔林、地宫、石崖墓群、禅室、禅院等，也都有很高的艺术和科学考察价值。可以说，钟山石窟是人们研究千余年来历朝历代宗教史、民俗风情、彩绘工艺、衣着装饰与雕刻艺术和建筑艺术的重要史料。
作为与敦惶对应的丝绸之路北线上的重要石窟群，随着尚未开掘的一些石窟的清理与考古的深入，钟山石窟可能还会带更大的惊喜。但记者在三号窟内看到，由于风化和自然的侵蚀，释迦牟尼横三世佛背后墙壁上原来雕刻的佛像已经完全消失了，两壁上的佛像也已经开始风化，而透过墙缝所看到的隔壁石窟已完全没有什么有价值的雕刻存在了！