吴川尖紫蛤国家级水产种质资源保护区位于广东省吴川市境内，总面积1000公顷，其中核心区640公顷,实验区360公顷。保护区位于广东沿海粤西吴川市西南端鉴江入海口，吴川沿岸为沙坝泻湖海岸，海岸线长84.19公里，港湾少，沙滩多，有小沙洲4个，沙洲岸线长13公里。保护区所在海域为向两侧延伸为平缓的砂质海滩，由陆向海水深逐渐增大，根据水深地形可分为两个部分：近岸的河口交汇区和远岸的浅海区，两者以平行岸线的1m等深线为界。保护区的水文环境、底质环境和有大量的藻类饵料，为尖紫蛤的繁育与生长提供了良好的环境。

保护位所在区域位于北回归线附近的热带北缘与南亚热带南缘交汇处，其热带性较热带不足，但比亚热带又有余，属于典型的过渡带。在过渡带中，水质因子变化多样，自然环境压力较大，同时由于人为因素的影响，其生态系统结构易发生演变。每年登陆或影响这里的3～4个热带风暴（台风）和夏秋季节经常发生的西南风加重了该海域生态系统潜在的脆弱性。人为的拖网采捕、养殖开发，既污染了生境，又破坏本底自然状况，也表现了生态系统脆弱性的一面。在这个特殊的自然生态环境条件下，由于区域特征、地质地貌、自然灾害、环境因子和人为因子综合作用，决定了该区域生境的脆弱性，所以其保护比较困难，必须采取特殊保护措施。

保护区的大小以能满足保护对象正常繁衍生息为前提，与周边社区的经济建设和发展取得平衡为目标。保护区面积1000公顷，尖紫蛤的主要活动、觅食、繁殖区域都划入了保护区，因此可以认为该保护区对于保护相应的生态系统和生物资源是适宜的，形状有利于管理和保护。

该海域的海洋生物有280种。经济鱼类种类达163种，隶属17目69科，其中的石斑鱼类、鲷科鱼类、蓝圆鲹、白姑鱼、大黄鱼、鮸、带鱼、马鲅、金线鱼、鲻、鲳、斑鳍白姑鱼、黄斑蓝子鱼、黄姑鱼、棘头梅童鱼、硬头海鲇、二长棘鲷和刺鲳；甲壳类有墨吉明对虾、长毛明对虾、日本囊对虾、近缘新对虾、刀额新对虾、周氏新对虾、锦绣龙虾、波纹龙虾；蟹类有锯缘青蟹、三疣梭子蟹、红星梭子蟹；贝类有尖紫蛤、斧文蛤、丽文蛤和文蛤等国家级和省级种质资源。本海域不仅是尖紫蛤的主要产卵场、索饵场和育肥场，也是这些经济鱼类、甲壳类和贝类的产卵场和索饵场，因此保护区的建设对这些种质资源保护具有重要意义。