杭锦旗由于地貌、气候、植被和水分条件的地域差异，土壤从北向南依次分布为灌淤潮土、风沙土和草原土壤带等更替;地带性草原和荒漠土壤的地域分布又从东向西依次为栗钙土、棕钙土、灰漠土和棕漠土等更替。灌淤潮土分布在黄河南岸的冲积平原地区，土层厚，土质肥沃，是产粮主要土壤类型。栗钙土分布在东南部波状高平原和毛乌素沙地边缘的丘间洼地及河谷阶地上，地下水位较深，水质良好，具有腐殖质积累和石灰淀积过程。棕钙土分布在中南部波状高原地区，分布面积较广，地下水位较深，土体从上到下可明显分为腐殖质、钙积和母质三层，腐殖质层为淡棕色；灰漠土分布在西部巴拉贡镇的波状高平原和丘陵区，土壤水分少，有机质含量低，表层呈荒漠结皮特征，土体含有石膏层。风沙土在旗域内均有分布，库布齐沙漠和毛乌素沙地区集中分布，土体胶结松散，土层分化不明显，土壤贫瘠，不宜耕作。
　　除此之外，在黄河沿岸地区还分布有沼泽土、盐土，在鄂尔多斯高原区分布有粗骨土。[3]