漕运总督是明、清两朝中央政府派出的统管全国漕运事务的高级官员，品级为从一品或正二品。始设于明景泰二年（1451年），驻节于南直隶淮安府城（今江苏省淮安市淮安区），全称为“总督漕运兼提督军务巡抚凤阳等处兼管河道”，不仅管理跨数省长达3000多华里的运河沿线，并且还地方行政事务，在明代和清初（1649－1659）兼庐凤巡抚，管理凤阳府、淮安府、扬州府、庐州府和徐州、和州和滁州3州；自清末的1860年（咸丰十年)起节制江苏长江以北诸镇、诸道。而各省的督粮道，都隶属于漕运总督。

官名。明景泰二年（公元1451年）始设，总管漕运，督促南方各省经运河输送粮食至京师。明初，置京畿都漕运司，设漕运使，不久废。永乐年间置漕运总兵官，宣德年间又遣侍郎、都御史、少卿等官督漕运。景泰二年（1451）置漕运总督兼巡抚凤、扬、庐、淮四府，徐、和、滁三州，驻淮安（今属江苏），后曾分设巡抚，嘉靖四十年（1561）又归并，改总督漕运兼提督军务，后未再分。清沿置，所属有巡视漕务、督粮道、管粮同知、通判、押运通判等官。光绪三十一年（1905），因河道废弃而裁撤。

隋唐以后历代朝廷都十分重视运河漕运，以其为国家经济的命脉。自隋代开凿大运河，朝廷就在淮安设漕运专署，宋设江淮转运使，东南六路之粟皆由淮入汴而至京师。明朝在设立漕运总督之前，1404年，永乐皇帝设武职漕运总兵，为正二品衔，率12万军队，专门负责漕运。1451年，设立文职的漕运总督，与总兵同理漕务，称为文、武二院，二者享有同等的权力。每年年初，总漕巡视扬州，经理瓜洲和淮安的漕船过闸事宜，总兵到徐州督管漕船过百步洪、徐州洪等，同理漕参政管押赴京。1621年，才裁撤漕运总兵，而专任文职。

每年漕船到达这里后，需接受漕台衙门的盘查，上万艘粮船的船工水手、漕运官兵在此停留，南来北往的商人在此进行货物交易，旅客也在此盘桓，更加之在这里设常盈仓两处、常平仓两处、预备仓三处、庄仓五处。因此促成淮安城市的繁荣：“扬州千载繁华景，移在西湖嘴上头。”

漕运总督的属下有理漕参政、巡漕御史、郎中、监兑、理刑、主事等级别和职掌各不相同的属官。督催有御史、郎中，押运有参政，监兑、理刑管洪、管厂（造船厂），管闸有主事。文官武将及各种官员达270多人；还下辖仓储、造船、卫漕兵丁2万余人。其中规模最大的造船厂位于清江浦。