上古时期，尧的儿子丹朱栖身并葬于今南宫一带。 春秋时期，今南宫境域为晋国东阳地的“边陲之地”。 周贞定王十六年（前453年），韩、赵、魏三国分晋，赵国独得东阳，县域遂归赵国所辖。 秦王政二十五年（前222年）秦灭赵国，遂为秦国东阳地。 秦王政二十六年（前221年），秦始皇统一中国，将全国分为36个郡，本域属巨鹿郡（治所在今平乡县西南）辖地。 西汉高祖始置南宫县，因境域曾为周代“八士”之一的南宫适居食之地，故取其姓为县名，治所在今县城西北的北旧城村。在东南境还置有缭县，故城在城东南二十三里。南宫县初属冀州信都郡（其间曾三次封为广川国，三次复为信都郡），后隶信都国（曾改国为郡，后仍为国）；缭县初属冀州清河郡，后为清河国（其间时国时郡，几经更迭）。 东汉时省缭县入南宫县，初属冀州信都郡，永平十五年（72年）封为乐成国，延光元年（122年）改名安平国，中平元年（184年）更为安平郡。 三国魏时，南宫县属安平郡。 西晋，南宫县初为冀州安平国，太康五年（284年）改为长乐国。 北魏时，南宫县属冀州长乐郡。太平真君二年（441年）经县（今威县地）省入，太和十年复析置。 北齐时废南宫县。 隋开皇六年（586年）复设南宫县，初属冀州，大业三年（607年）改隶信都郡。 唐代，南宫县初属宗州（武德四年置），武德九年（626年）改隶冀州，贞观元年（627年）起，冀州隶于河北道。 五代时，南宫县仍属冀州。 宋代，南宫县属河北东路冀州，入金后仍从宋制。北宋皇祐四年（1052年），析南宫县之新河镇置新河县，同时南宫县省入；熙宁六年（1073年）复设南宫县，而新河县又省入为镇。 元太宗四年，析南宫县原新河县地，复设新河县，南宫县属真定路冀州。 明成化十六年（1480年）南宫县徙治飞凤冈（今城关），属真定府冀州。 清代，南宫县属直隶省冀州。 民国二年（1913年）南宫县属直隶省冀南道，次年改为大名道，民国十七年（1928年）直隶于河北省，民国二十五年（1936年）划属河北省第十四督察区。 抗战爆发后，民国二十七年（1938年）9月中共创建冀南区，属晋冀鲁豫边区（1941年成立），南宫县为冀南区之十三专区。 民国二十九年（1940年）至民国三十三年（1944年），曾析设垂杨县，后还属。 民国三十四年（1945年）底始，南宫县一直属冀南区四专区。 民国三十七年（1948年）9月华北人民政府成立，晋冀鲁豫边区即行撤销，南宫县改隶华北行政区冀南区四专区。 民国三十八年（1949年）8月1日，南宫县划归河北省邢台专区。 1949年10月1日中华人民共和国成立后，南宫县仍为邢台专区。 1958年4月28日，撤销邢台专区，南宫县划归邯郸专区。同年12月20日，撤销威县、清河县并入南宫县。 1960年5月3日，撤销邯郸专区，南宫县归邯郸市辖。 1961年5月23日，复设邢台专区，南宫县还属。同年7月9日，析南宫县复置威县、清河县。 1970年，邢台专区改称邢台地区，仍辖南宫县。 1986年3月5日，南宫县经国务院批准改建为南宫市，为县级，区域不变，仍隶属邢台地区。