学校最早是租书院弄刘抚院的房子，学生增多后于城东苏家弄将军桥购地自建校舍50间。
1952年，私立辅仁中学由国家接办，更名为“无锡市第二中学”。
1979年1月，经省市有关部门批准，“二中”与“东林小学”合并，更名为“东林学校”。1982年“二中”与“东林小学”分离。同年市二中被确定为江苏省重点中学。
1992年，市二中新校舍落成，学校从东门原址搬迁至南门沁园新村146号新校舍。同年，二中停招初中新生，成为高级中学。
1994年二中邀请部分辅仁——二中校友会代表创办新的无锡市民办辅仁中学，招收优秀小学毕业生。
1997年二中成为无锡市首批教育现代化示范学校。1998年学校隆重庆祝校庆80周年。同年，二中通过国家示范高中的省级验收。
2000年9月民办辅仁中学从二中迁入与二中一墙之隔的新校舍。同年二中创办实验分校，招收两个高中实验班。实验分校在民办辅仁中学新校舍挂牌。2003年3月二中恢复辅仁老校名。