1999年，还未辞完身上职务的芳振法师先来到当地为天王殿举行了奠基仪式，气势宏伟的天王殿次年全部完工。2001年，数层高的斋堂开始建设，日后这里成为法师休息和办公的场所，同时也是当年芳振法师闭关的修行之所。

    芳振法师说，当时闭关时，斋堂还未完全建好，几乎是“毛坯房”的样子。之所以急着闭关，主要是考虑到未来中普陀寺一旦大规模建设起来，已经繁忙的他可能更加繁忙，所以得趁着年轻，杂事还少的时候。
    4年的闭关生活，整个中普陀寺的建设暂时停顿，直到2004年，芳振法师出关。那一年，芳振法师出关后的第一件事，就是修建圆通殿，这也意味着中普陀寺的建设重新开始。经过一年的建设，圆通殿成功建成。按照信众的说法，当时中普陀寺每天都有新变化，而这种变化总能带给她们一些惊喜。
拆除旧殿
     很快，麻烦开始找上了芳振法师。2005年，芳振法师决定拆除“洞灵寺”的老殿，用于建成戒坛。这一举动，让当时曾经参加过建设老殿的居士不理解，认为把他们的心血给拆掉了，甚至跑到政府、佛协去上访，去反映。
    不过，这些都没有动摇芳振法师的信心。他明白，老殿无论从规模、风格等都与之前的建筑格格不入，要想达到和谐、统一，就必须拆除。“看准了就去做，不要顾虑太多，做该做的事情，到最后大家都会明白，都会理解。”芳振法师说。而事实上也正是如此。当老殿被拆原址，一座呈四方形且庄重而大气的戒坛矗立起来的时候，那些极力反对、声称再也不来寺院的居士们，又重新找到了法师，说攒了一些钱，想帮助法师建寺。