瓮安地域在古代就生活着苗族等少数民族，是少数民族聚居区。元代在少数民族聚居区推行土司制度。至元十四年(1277年)播州首领纳地归附，授播州安抚司，隶湖广行省。十八年升为播州宣慰司。二十一年为播州军民安抚司，辖1府32长官司，其中旧州草堂(塘)等处长官司在今县境内。二十八年改为播州军民宣抚司(元末复为宣慰司)，隶四川行省，二十九年改隶湖广行省。

洪武五年(1372年)播州宣慰司隶四川承宣布政使司。十五年置平越卫指挥使司(后为军民指挥使司)，卫治平越(今福泉县城)，先后隶四川、贵州都指挥使司。辖左、右、中、前、后5守御千户所3站72屯堡，今县境部分地区属右所，有干平堡(今县城一带)、干溪堡、刘家堡、梭罗堡、瓦厂堡 、冷家堡 、洪头堡(今红灯堡 )、荆蒿堡 (今金蒿)、何家堡、黄旗堡 、岩头堡 、小坡中堡 、瓮脚后堡 、尖坡下堡共15堡。十七年，草塘等处长官司升为草塘安抚司，同年置瓮水安抚司(今珠藏、玉山、江界河、天文等地)，均隶四川布政司播州宣慰司。万历二十九年(1601年)改土归流，以瓮水、草塘2安抚司及平越卫右所干平、干溪、梭罗等15堡地合置瓮安县，隶贵州布政司平越军民府，府治平越卫城。清代至辛亥年(1911年)，瓮安县隶平越军民府、平越府、平越直隶州。

民国2年，贵州撤府(直隶州、直隶厅)设道，瓮安县隶黔中道，治所驻贵阳。9年撤黔中道，瓮安县直隶省。24年，贵州设行政督察区，瓮安县隶第7行政督察区，专员公署驻平越，25年缩编行政督察区，瓮安县隶新第7行政督察区，专员公署驻镇远。26年设省直辖区，瓮安县隶之。37年，瓮安县改隶第5督察区，专员公署驻遵义。

中华人民共和国成立后，1949年12月11日，瓮安县解放，隶贵州省贵阳专区，专区机关先后驻修文、贵筑县花溪镇。1952年12月，贵阳专区改名贵定专区，专区机关驻贵定，瓮安县仍隶之。1956年5月撤销贵定专区，瓮安县改隶安顺专区，专区机关驻安顺。1958年12月撤销福泉县(1961年8月恢复)并入瓮安县，改隶黔南布依族自治州至今。