威清卫第一任指挥焦琴，行伍出生，父亲焦琼是明太祖朱元璋亲军府军卫镇抚，跟随朱元璋在西征陈友谅、东讨张士诚的战争中屡建战功。焦琼告老退职后，焦琴得以承袭了父亲的职位。

明朝初年，清镇地区属于贵州宣慰司的管辖之地，处于贵州卫与水西辖地之间，是贵阳通往云南的必经之地，更是贵阳西面的战争防御屏障。朱元璋初定天下，建立了大明王朝以后，最不放心的就是边关的稳定。明洪武十四年，也就是1381年的4月，刚刚承袭了父职的焦琴，跟随大将军徐达北伐，远赴塞外，彻底扫荡了逃到北方的元朝残余势力。同年9月，焦琴又奉命跟随征南将军傅友德征讨云南，从贵州进兵曲靖，打败元平章达里麻所部10万大军，平定了云南。
由于战功卓著，明洪武十九年，焦琴被任命为今四川叙永的永宁卫将军，后又分别被封为武德将军和明威将军。他出任永宁卫将军的当年，贵州境内的安顺、普定、都匀、平塘等地相继发生长官司或长官司下辖的各寨头领叛乱，焦琴奉命率军参与平叛，再次进入贵州，走近清镇。
天下已定，明王朝为了巩固对云南的统治，保障贵阳到云南的驿道畅通，同时也是为了在贵阳西面设置屏障，提防水西叛乱。1390年明洪武二十三年，明朝正式在贵州宣慰司辖区分地建置了威清卫指挥使司，令焦琴任威清卫指挥，开设卫所，焦琴也就成了威清卫设卫以来的第一位指挥、第一位威清卫地方和军队最高长官。