金科（曼陀罗殿）殿，原名努尼殿，是供僧人静坐休持的殿，用于喇嘛们以逐渐减少饮食，静坐默诵，力图不食不语的修行方式去解脱超度众生灵。后来毁于文革动乱。2003年国家拨款在遗址上恢复并扩建此殿，2005年9月开始对外开放，全殿上下两层，一楼为佛堂，供有千手千眼观音像、六世班禅大师、宗喀巴大师像，正中供奉的三世佛为铜铸镀金佛像。墙上所绘壁画是藏传佛教九大佛寺壁画。

    此殿二楼是文物博物馆，展出本召所保存的部分珍贵文物。有唐卡、清代景德镇瓷器、活佛的生活用品、法器、内蒙古仅存的两座鎏金曼陀罗坛城，都具有很高的历史文物价值。