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于都交通运输，古时以水运为主，1935年始有汽车运输。改革开放初期，全县仅有各级公路135条，总长836.46公里，公路密度27.67/百平方公里；于都拥有各类公路里程2558.15公里，其中：国道91.45/2条（323线、319线），省道54.24公里/2条（银于线、庄黄线），省养县道93.8公里/3条（于盘线、利朱线、三门－金沙线），县道377.984公里/16条，乡道528.261公里/57条，村道1505.725公里/724条，有渡口32个，公路密度83公里/百平方公里。基本形成了以县城为中心，以国道323线、319线、省道于银线为主骨架，县道为支架，乡村道为延伸的公路运输网络。实现市至县通二级公里水泥路，21个乡镇机关所在地通水泥(油)路和388个行政村通公路及134个行政村通水泥路，水泥砼（油）路面里程为605.79公里，占通车里程的25%。

2001年12月开工建设赣龙铁路58公里，于2005年4月正式通车。境内航道2条，航线总里程123公里。有大型桥梁6　座，即寒信大桥、水头大桥、红军大桥、长征大桥、三门大桥和新澄江大桥，总长2030.24米，2009年11月建成的渡江大桥为连接贡江两岸又一大型桥梁，将加速贡江南岸的发展与建设。中型水利枢纽工程2座，即渔翁埠水电站和下栏水库工程。

2009年通车的昆厦高速公路，使得于都结束了没有高速公路的历史，从此于都4小时内可到达厦门经济特区，全程高速直达广州、深圳等珠三角城市。