太仆寺旗历史悠久，新石器时代已有人类生存。“太仆”为春秋战国时官司名，属九卿之一，职司马政。北齐始立“寺”，设职称“太仆寺卿”，以后历朝承袭，直至清季。　　 有史以来，中原逐鹿，边战频仍。而太仆寺旗地处荒服，开发较晚。宋、辽、金三朝并立期，太仆寺旗先后为辽、金境地。大定年间，金为防御蒙古，从东北莫力达瓦经索伦、古桓州、沿阴山山脉修筑了绵延数千里的金界壕。现太仆寺旗境内留金界壕遗址百余里。1125年(金天会元年)，在太仆寺旗设州，名昌州。1670年(康熙九年)，在张家口北设太仆寺左右两翼牧厂。太仆寺左翼牧厂，在今贡宝拉格苏木五旗敖包附近，属太仆寺衙门专供皇室御用军马，肉食和祭祀用品，是察哈尔十二旗群之一。清康熙十四年(公元1675年)，清廷从察哈尔左翼四旗即：正蓝、镶白、正白、镶黄中抽调牧丁于喀喇尼墩井(在今贡宝拉格苏木五旗敖包附近)建立太仆寺左翼牧群，隶太仆寺衙门，专供应御用军马和膳食，祭祀品。这里水草丰美，平畴宜牧。据载，乾隆五年(公元1740年)，太仆寺两翼牧群即有骒马160群，骟马16群，计约43万余匹。

　　 中华民国初年，太仆寺两翼牧场属察哈尔都统兼管。民国四的(公元1915年)，设察哈尔垦务总局，民国七年于玛拉盖庙成立太仆寺两翼招垦设治局，内地农民(以河北、山西居多)大量涌入，垦务渐兴。不久于左翼牧场镶黄旗境内国禅寺基地挖掘石碑一方，上有“元致和元年”及“兴和路宝昌州”等字，经奏请察哈尔垦务总局批准，将太仆寺两翼招垦设治局改称“宝昌”招垦设治局，继而开始选择局址，经多方勘察，确认大深沟中段西北山角呈龙尾形，有吉祥、腾达之兆，遂将局址定于大深沟即现在宝昌镇。

　　 民国十年年(公元1925年)，改宝昌镇设治局为宝昌县。民国十九年(公元1930年)五月，于大深沟筑城，九月竣工，名曰宝昌镇。城呈方形，墙系土质，高1.4丈，宽0.7丈，城内面积1179.6亩。开东、西、南三门。东曰昌平，西曰昌乐，南为昌化。

　 1933年春，日本侵略军进侵察哈尔，6月4日，宝昌沦陷。1936年初，日寇为伪察哈尔盟公署将宝昌、沽源二县合并成立宝源县，驻地宝昌。同年，又将太仆寺左翼牧场改称为太仆寺左旗，驻地由五旗敖包迁至炮台营子。1945年8月，日本侵略者无条件投降。此后，国民党占领了宝源县和太仆寺左旗，1948年12月宝源县与太仆寺左旗全部解放。

　 1950年7月27日，察哈尔省与内蒙古人民政府重新勘定区界，将宝源县再进行分设宝昌、沽源二县。宝昌县划归内蒙古自治区察哈尔盟。

　 1956年9月，国务院决定撤销宝昌县，除原一区(哈叭嘎)，二区(龙王庙)分属正兰旗和正镶白旗外，其余5个区与太仆寺左旗合并，称太仆寺旗。旗委驻地宝昌镇。

　 1958年9月，察哈尔盟与锡林郭勒盟合并，称锡林郭勒盟，原察哈尔盟委从宝昌迁出至锡林浩特，太仆寺旗随之隶属于锡林郭勒盟至今。