东乌旗历史悠久，在锡林郭勒草原上，在历史的发展演变过程中，因地域和习俗的不同，形成了乌珠穆沁、阿巴嘎、察哈尔，苏尼特四大部落。东乌珠穆沁旗就是由乌珠穆沁部落演变而来。远在春秋战国时期，东湖、谵褴游猎部落活动在这里，秦时为乌桓、鲜卑部落所居，隋、唐时代东突厥曾活动于此，属关内道突厥单于都护府所辖地。辽代为上京道乌古迪烈统军所辖。金代设置临潢府路庆州大盐泺群牧词，北境则为广吉刺部占据，元代属岭北行省济南王部（合赤温后王封地）管辖地，明代为鞑靼，奴儿干等部族。公元16世纪，成吉思汗16世孙图罗博罗特由杭爱山徒牧戈壁南，占据此地，他的第三个儿子翁滚都拉尔开始称所部为“乌珠穆沁”，因为他们原在阿尔泰山脉葡萄山一带驻牧，故“乌珠穆沁”由此而得名，蒙古语意为葡萄山之人。　 明未清初，乌珠穆沁部落迁至喀尔喀的克鲁伦河一带游牧，崇德元年（1636年）归附满清，崇德六年，受封为扎萨克和硕车臣秦王。顺治3年（1646年），将乌珠穆沁部分为乌珠穆沁左翼和乌珠穆沁右翼两个旗，当时的乌珠穆沁左翼旗即现在的东乌珠穆沁旗，直至民国时代。1934年属锡林郭勒盟。1945年乌珠穆沁部道尔吉王与乌兰夫部冲突失败，率6个苏木迁至蒙古国克鲁伦河附近驻牧至今。1949年锡林郭勒盟政府将乌珠穆沁左、右翼两旗合并，建立东部联合旗。

　　 1956年7月，经国务院批准，撤消东部联合旗，分设东、西乌珠穆沁两个旗。东乌珠穆沁旗驻地喇嘛库伦，也就是现在的乌里雅斯太镇。