巴南区由巴县改设而成，在刘宋以前曰江洲，齐、梁、西魏曰垫江，自宇文周曰巴县，民国元年（1912年）易名重庆府，民国2年恢复巴县。1995年开始称作巴南区。

巴县是西周至战国的辖境巴国。周慎靓王五年（公元前316年）秦灭巴国，周赧王元年（公元前314年）秦在巴国旧域设县治理，江州县为其一，隶于巴郡。南齐永明五年（公元487年），改江州县为垫江县，北周武成三年（561年）又改垫江县为巴县，并废枳县入于巴县。

巴县新置时属楚州巴郡，隋代属渝州、巴郡，唐代属渝州、南平郡、渝州，宋代属渝州、恭州、重庆府。元代属重庆路，明清时期属重庆府；辛亥革命后由重庆蜀军政府直辖，民国2年属川东道（后改为东川道），民国17年属四川省；解放初属川东区巴县专区，旋属璧山专区，1951年1月改属重庆市，1953年2月划属四川省江津专区，1958年11月回属重庆市。1994年12月，撤县设区，为重庆市辖近郊城市区。巴人寻根:巴人·巴国·巴文化

自周赧王元年（公元前314年）起至民国28年（1939年）间，均设县治于今重庆市渝中区解放东路，历与郡、州、路、府同城而治，并为附廓大县。此后治地多迁。民国28年，按国民政府令，县政府迁至市外办公，暂住人和乡（今九龙坡区华岩镇），民国30年迁驻新治李家沱马王坪。解放后由于市县界变动，于1952年10月暂迁南温泉，1954年1月迁驻鱼洞镇。改县设区后治地仍旧。