据扎鲁特旗的出土的石镞、石叶、石核、石碓、石凿、石刀、石锄、石镰、石斧……新石器时代的文物证明，早在原始社会的新石器时代，先民就在这块土地上繁衍生息。
根据记载，商周至秦汉时期，这片土地属于东胡人的牧场。汉至晋朝时期，系乌桓、鲜卑人住地。南北朝及隋唐时期，是契丹住地。辽代，为北大王擦喇之牧地，契丹人居住。金朝时期，金界壕以南为北京路，女真人居住。元代属上都路，到北元及明朝时期，归于乌梁海三卫占地。嘉靖三十九年（1560年）内喀尔喀五部，征服三卫之一的泰宁卫，附属于察哈尔部。乌巴什继承其父和尔朔齐哈萨尔诺颜之位，自称伟徵诺颜，驻牧于泰宁东部。对所管辖的部号称扎鲁特。从此“扎鲁特部”这一名称开始载于史册。
天聪二年（1628年）归属后金。皇太极为了更好地利用科尔沁部和扎鲁特部的势力，于天聪五年（1631年）对蒙古地区开始实行军政令统一的旗（和硕）佐领（苏木）制度。从此以后，扎鲁特部在行政和军事上，失去了传统的自主权力。天聪十年（1636年），后金改名为大清国，整个内蒙古49旗完全置于清王朝的直接统治之下。
清顺治五年（1648年），清廷追封内齐为多罗贝勒，并由内齐之子桑嘉布继承其父多罗贝勒爵位，占有扎鲁特部原有牧地和部众，赋予扎鲁特旗札萨克之职，世袭罔替。同年，清廷又追封色本为多罗达尔汗贝勒，由色本次子桑噶尔继承其父多罗达尔汗贝勒爵位，从扎鲁特部划出一部分牧地和部众据其所有，赋予扎鲁特旗札萨克之职，世袭罔替。所领的牧地为扎鲁特右翼旗。自此，原为一体的扎鲁特部，分为并立的扎鲁特左翼和右翼两个行政旗。旗以上设盟，扎鲁特左右二旗属昭乌达盟。
中华民国建立后，其本上沿袭清廷的行政体制，原理藩院改为蒙藏院，其下属机构如故。直奉军阀之间混战之际，为在蒙古地区扩展势力，把热河作为前沿阵地，袁世凯委托热河都统（后改称省长）直接掌握和监督昭乌达盟管辖下的各旗县事务。设县和没治局，着手开发垦殖蒙地，大抓财政税收，以补充战乱所需的大笔开支。民国12年（1923年）12月27日，热河都统委任高义山为鲁北没治委员兼备队统领官。民国13年（1924年），高义山正式建鲁北没治局（鲁北县）。在扎鲁特左右二旗的领地上，出现了旗县分治的局面。县管开垦区，旗管未开垦区。旗县同时存在，县居旗之上。
民国22年5月（1933年5月）,伪满洲国在热河省昭乌达盟西拉木伦河以北地区，设置兴安西分省（省会开鲁），扎鲁特左右二旗归兴安西分省管辖，废除鲁北县置。
民国24年4月（1935年5月），伪满洲国政府下令，原扎鲁特左右二旗合并为一个扎鲁特旗，旗公署指定在鲁北。
1945年8月15日，日本无条件投降，伪满洲国垮台。
1945年11月，扎鲁特旗成立临时政府。
1946年1月，东蒙古自治政府成立， 3月，扎鲁特旗建立自治政府，隶属于昭乌达省政府。
1946年承德“四·三”会议以后，明确了中国共产党对内蒙古自治运动的领导。撤销东蒙古自治政府，中共昭乌达省改称昭乌达盟行政委员会，隶属热河省。扎鲁特旗自治政府改为扎鲁特旗民主政府。1946年8月，中共昭乌达盟委员会组成扎鲁特旗工作委员会，到扎鲁特旗开展工作。
1947年5月，扎鲁特旗划归辽吉省哲里木盟，1947年 7月，成立扎鲁特旗政府。
1948年8月，辽吉省撤销后，隶属于辽北省哲里木盟。
1949年4月，随哲里木盟划归内蒙古自治区管辖。1949年10月1日，改为扎鲁特旗人民政府。
1969年7月5日至1979年5月30日，隶属于吉林省。
1979年5月，随哲里木盟重新划归内蒙古自治区。1999年，国务院撤销哲里木盟建制，成立地级通辽市，扎鲁特旗归通辽市管辖。