扬州大学前身可追溯到1902年由中国近代著名实业家、教育家张謇先生创建的通州师范学校，是一所历史悠久、声誉卓著的百年名校。学校前身——原江苏农学院和扬州师范学院便是在南通学院农科和通州师范学校文史科的根基上发展起来的，参与合并的其他4所高校也均有60年以上的独立办学历史。

1992年5月19日经国家教委批准，由扬州师范学院、江苏农学院、扬州工学院、扬州医学院、江苏水利工程专科学校、江苏商业专科学校联合组建扬州大学。学校是全国率先进行合并办学的高校，开创中国高等教育改革先河。
1992年-2004年扬州大学历经松散型联合、实质性合并、全面改革调整等三个阶段。
1998年，学校按学科群重组了13个二级学院；
2002年之后，基于学科建设需要，学校又进行院系重组；
2002年，学校与南京师范大学、苏州大学等八所省属高校联建宿迁学院；
2011年，学校与南京师范大学、南京信息工程大学等6所省属高校在省内具有进行自主选拔录取资格；
2012年5月19日，扬州大学迎来110周年华诞；学校举行建校110周年、在扬州办学60周年、合并办学20周年校庆活动；
2013年2月，学校正式成立研究生院；
2014年10月，学校被列为首批卓越农林人才教育培养计划改革试点项目高校。