截止2009年9月全市超过40万家个体私营企业，但其中大企业不到100家，其他都是中小企业。这些中小企业涉及东莞的纺织、电子、玩具和服装等主要的加工贸易行业，直接推动了东莞加工贸易的发展和地方政府财政收入的增加。准确的数据表明在东莞99%以上都是中小企业，但东莞市中小企业的工业总产值却只占全市的68%左右，由于其产业结构不合理，给东莞的发展带来了环保、社会管理的压力。同时。这些中小企业大多数都是以从事加工贸易为主。也就是纯加工经营模式，以赚取差额利润为主。东莞是全国加工贸易业务最集中的地区之一，目前仅东莞海关监管的加工贸易企业有1.3万多家。但是这些中小企业绝大部分靠订单生存，在生产质量和产品方面存在严重的同质化倾向。由于企业规模小，财力弱，无力应对外贸风险和留住熟练技工，结果失去大量订单。再加上成品油价格上升、电力供应紧张、用工紧张、人民币汇率上升、配额成本增加和反倾销税等外贸“瓶颈”因素，都在东莞这些企业中迅速产生了成本增加等连锁效应，直接导致企业利润直接大幅度下降，甚至出现亏损。特别是那些长期依赖出口的中小企业抗拒国际经济风险的能力最弱，以制鞋产业为例，由于从2006年4月7日开始，欧盟对我国皮鞋征收临时性反倾销税，进一步压缩了东莞皮鞋业的原本只有10%的微薄的毛利润空间。对于东莞制鞋厂家，除了负担4%的临时反倾销税，还要负担6％的关税，这已经把10％的毛利润挤净，其中还不包括燃油发电成本增加、汇率增加和工资成本增加的影响。最终导致东莞的制鞋业进入了长期的寒冬发展期，至今仍然无法走出低谷。

从东莞的产业结构来看，现有以中小企业为主体的加工贸易产业集群大多属于劳动密集型产业和资本技术密集型产业的加工组装和低端零部件的配套生产，缺乏技术创新和打造品牌的能力，处于全球价值链的中低端，辐射带动能力有限。长期以来由于东莞的中小企业大多数是以加工贸易为主，也就是贴牌生产，品牌是人家的，核心技术也是人家的，自己只能依靠低廉劳动力成本获得很小部分的加工费用。所以东莞的中小企业很大程度上是依靠劳动力的低成本而生存的，而不是把积极进行技术创新和品牌创造作为自己的生存和发展之路。那么在加工贸易中，产品的附加值小，出口企业只能赚取廉价的加工费，利润微薄，加之议价能力极其有限，在各种成本不断提高的影响下，出口企业利润空间不断被挤压得越来越小。以东莞的玩具产业为例，玩具产业是比较典型的劳动密集型企业。东莞的一些中小玩具企业长期以来的出口经营模式是主要给一些欧美品牌做贴牌生产，由这些欧美品牌厂家提供定单和样品进行生产，然后按低于欧美市场价格的合同价格出口而获取利润。但去年以来，包括材料成本和用工成本的综合生产成本已经上升了近30%，但是出口价格却不可能提高那么多，而到了今年以来，受人民币升值的影响，利润空间已经又被压缩了6--8个百分点。一些实力雄厚的大企业还可以勉强挺过去，但一些利润率原本就不高的中小企业由于资金周转等因素根本就没有办法应付，只能接受停产或限产的悲惨命运。

受今年原材料价格上涨、人民币持续升值、国内外经济环境变化等因素的影响，特别是中央紧缩银根的宏观经济政策出台，东莞中小企业的发展面临许多问题，其中资金短缺和贷款难已成为制约中小企业快速发展的主要障碍。导致中小企业资金短缺和贷款难的主要原因是融资渠道狭窄，以实物作为抵押向银行信贷是中小企业发展的基础性资金来源，这极大地制约了企业的快速发展和做强做大；银行信贷同时也是中小企业赖以融资的主要渠道，但获得的信贷支持却很少，而且随着每次利率不断攀升带来的贷款加息，给那些原本困难的中小企业的发展背上了严重的经济负担。据统计我国私营企业获得银行信贷支持的仅占10%左右；资本市场直接融资门槛较高，使中小企业望而却步，新开设的中小板块也只能在短期内解决少数高新科技中小企业的融资问题，据中国人民银行2009年12月的调查显示，我国中小企业融资供应的98.7%来自银行贷款，由此推断直接融资在中小企业融资中比重仅占1.3%；中央和地方对中小企业扶持关系不明，除少数几个省市外，多数地方政府都寄希望于中央政府，而中央政府又受制于财力，指望地方政府多出力，目前只有上海等少数几个省市建立了担保机构，这些担保机构也主要依靠金融机构资金，因此运行中仍然僧多粥少。东莞市政府虽然财力雄厚，但至今也没有为中小企业建立担保机构，给银行为了规避金融风险，更是不敢越雷池半步。同时，由于东莞中小企业规模小、经营风险大、信用能力低、财务制度不健全、可抵押品少、难以找到合适的保证人等问题使解决中小企业融资问题的阻力更大。