自20世纪50年代初期钓鱼城遗址的保护、管理工作启动起，遗产本体的维修保护大致可分为三个阶段。

初期（1952-1966年），一是合川县政协组织文物普查小组，对钓鱼城遗址的地面文物、自然环境、历史、现状及存在问题进行调查，并对遗址区的文物进行登记、编号；二是对遗址范围内的古建筑、摩崖石刻开展小规模的维修保护，如修葺忠义祠、护国寺建筑屋面，将历代碑碣适当集中保存，开凿摩崖石刻区排水沟槽，治理各文物点水害等。
　　中期（1977-2002年），主要维修项目包括：一是遗址抢救性维修工程，修复护国门至新东门和南外城始关门总长1000米的城墙、跑马道，护国寺片区4口天池；维修南水军码头、飞檐洞暗道石级、上天梯栈道、忠义祠、护国寺；重建始关门门洞、护国门城楼、新东门城楼古军营5栋营房和校场。二是摩崖石刻病害治理工程，主要采用传统工艺和现代科研成果对摩崖石刻病害进行治理，主要工作有重建王坚纪功碑保护亭、三圣岩摩崖造像窟檐、安置龛窟护栏；对石刻进行工程地质和水文地质调查，开沟引导地表水、砌墙堵截地下水治理石刻水害。三是遗址危岩滑坡加固工程，1997年钓鱼城管理处委托中国文物研究所对钓鱼城遗址的危岩滑坡进行了勘察，并就钓鱼台插竿石、缄南涧水岩、孤佛岩、滴水岩危岩和始关门滑坡编制了加固方案，1998年由辽宁有色101地质矿业勘察公司完成加固工程。
　　近期（2003-2010年），这个阶段遗产本体的维修保护内容主要有：2005年委托沈阳故宫古建筑有限公司完成护国寺、忠义祠抢救性维修；2006年中国对外建设总公司重庆分公司完成西城王坚纪功碑亭、薄刀岭襟带阁抢救性维修；2008年由杭州市文物古建筑工程有限责任公司完成石照县衙维修保护；2009年由重庆易诚建筑工程公司、重庆市恭州文物保护有限公司分别完成钓鱼城西北段1378米城墙、跑马道修缮保护和钓鱼城护国门、始关门抢险维修；2009-2010年，由重庆市文物考古所对南水军码头、南一字城遗址进行科学保护。