为解决灌口地区人民看病难的问题，厦门市卫生局于1958年6月开始筹建灌口医院。院址选择在灌口镇东北面山坡上，以原灌口卫生所为基础，于1959年2月13日正式开办灌口医院。初期职工19人，住院部设30张病床，为厦门市卫生局创办的一所全民所有制地段医院。1959年6月市属医院派医疗队进驻灌口医院开展技术指导；同年9月禾山卫生所撤销后该所的医疗组并入灌口医院；10月灌口医院成立了党支部，朱明担任书记兼副院长。1962年9月由于精简机构体制下放，灌口医院下放为集体所有制医院，隶属郊区卫生科管辖。1963年底随着公社体制的改变，灌口中心防保院撤销，其中部分人员并入灌口医院。
七十年代是灌口医院的辉煌时期。当时，乙型脑炎流行，林紫萱、陈联辉等医务人员采用香蕉根汁为主的中西医结合治疗方案治疗乙型脑炎，使病死率下降为2%以下。为此，陈联辉医士多次出席省、市“乙脑防治”专题会议，介绍交流经验。蔡美玉的中药麻醉临床研究，魏文水、林紫萱、陈联辉三人用中药研制大通筋注射液治疗坐骨神经痛等医疗成果，在各地推广应用。在1978年11月召开的厦门市科技大会上，这三项医疗成果均获得奖励。至1979年，灌口医院职工数已达84人，住院部设一区（妇外科）、二区（内儿科）、三区（传染病科），病床60张。由于医疗质量不断提高，集美、杏林、龙海、长泰等地群众纷纷慕名前来就医，病房容纳不了，经常加床和增设简易病床，病区走廊都挤得满满的。当时的灌口医院算得上是厦门市赫赫有名的一家医院。
在此期间，灌口医院还多次承担医务人员培训任务。1969年至1979年，受郊区卫生科的委托，先后举办了五期赤脚医生培训班，为全区各公社培训赤脚医生198人次，并举办了一期有44名赤脚医生参加的全省统一考试的复习班。1977年和1982年先后举办两期初级医务人员培训班，为全区基层卫生院培训初级卫生技术人员73人。1978年受福建省卫生厅的委托，与厦门市卫生局共同举办磁疗学习班，为全省各地培训磁疗人员30人。此外，76年和79年分别接受龙海县角美中学医班28人、同安海军医院卫训队25人在灌口医院实习三个月。
但从80年代起，灌口医院开始走下坡路。一些医疗技术骨干退休或病故或工作调动，技术力量大为减弱，加上当时灌口地区领用的物价初贴和特区补贴比厦门、杏林、集美少；当时还流传将撤销郊区改工委的传言，上下人心惶惶，灌口医院也一样散乱，许多有关系的医护人员纷纷申请调动，某些科室濒临瘫痪，如外科调得空无一人，妇产科只能应付正常接生，对难产、剖腹产只能转院。况且，医院门诊和病房都已十分破旧，大雨大漏，小雨小漏；医疗设备也十分简陋、陈旧，造成恶性循环。到85年医院只剩下63人，附近群众多数到杏林、集美、厦门求医。
灌口医院的情况引起市、区政府和卫生部门的高度重视，多次派市属几家医院扶持灌口医院，对灌口医院有一定的促进作用。1989年区政府对灌口医院的旧病房有一定的促进作用。1989年区政府对灌口医院的旧病房进行改造，医院的环境条件有所改善，门诊和住院人数有所增加。但由于当时市属医院扶持指导的人员有限，且更换频繁，灌口医院仍然缺乏医务人员，特别是医疗骨干。灌口医院要恢复七十年代的辉煌，还必须另外寻找出路。
灌口医院医疗技术人员缺乏，自己培养还需要一定的时间，要达到快速发展的目的，与内地技术力量雄厚的医院联合办医是一条可行的新路子。湖北浦纺医院原是解放军总后勤部职工医院之一，技术力量雄厚，后因体制下放到地方，医疗技术人员过剩，也在寻找出路。93年6月，灌口医院和蒲纺医院就联合办医进行协商，达成合作协议，签订了第一期（1993—1998年）合同。灌口医院出医疗场所，蒲纺医院出医疗人员和部分医疗器材，利益分成；双方院领导成立联席办公会议，小权分散，大权由院部掌握。1993年8月，两家医院进行全面的联营，短短的时间内，迅速打开了新局面，成功地施行了一些高难手术，如食道癌开胸手术，肝、脾、肾等破裂修补术、清除颅内血肿手术。医疗技术水平的提高，加上医德医风的改进，使远近群众又重新回到灌口医院求医就诊，各种表扬信、感谢信也纷至沓来，医院荣誉倍增，医学成果也不断涌现，先后有九篇医学论文参加全国性的学术交流会。与时同时，市、区政府也加大了对灌口医院的投入，95年投资100多万元新建一座五层的职工宿舍楼，96年以区财政为主，市财政扶助共投入近200万元新建一座四层的门诊大楼；医疗设备也得到更新，配备了大型B超机、心电监护仪、24小时心脏动态观察仪、血球计数仪等；新的手术室宽敞明亮，并均配备空调。灌口医院也是岛外首家拥有CT检诊设施的医院。
1998年8月，两家医院又签订了第二期（1998.8—2003.8）联合办医的合同。在与蒲纺医院联合办医的同时，灌口医院也陆续向外省医科大学引进大专生20多人，并引进重点学科带头人5人。目前灌口医院职工130多人，成为拥有120张病床、科室齐全的综合性医院。灌口医院在精神文明建设方面也取得较大成绩，94年获集美区文明单位，96年获厦门市文明单位。96年—97年获福建省文明先进单位。社会事业是发展的。在党和政府的领导、重视下，灌口医院将不断总结经验，加大步伐，向新的更大的目标迈进。

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