方山景区位于江宁区科学园内，占地面积8.6平方公里，紧靠正处建设中的大学城和高新企业区。从远处望去，方山是一座不太高的平顶山(海拔约208米)，远望如一方印，古称印山。因戴笠飞机在此失事，一度亦称戴山。方山虽不高，但由于位于平原之上，仍不失巍峨挺拔。方山，因像一个巨大的印章又被称为天印山。它是传说中南京第一个被人工改造过的山，秦始皇凿山通淮泄王气，晋宋时人就认为是在这儿。传说往往是历史的影子，方山至少在东吴--六朝的第一个朝代，就被纳入"誓把山河重安排"的宏大工程之中。 南京被定为一国之都，作为中枢，它需要一个能够顺畅联结王朝各个部分的交通体系。南人以舟为车，水路交通自然是首选。南京向北，有天堑长江，同时也是黄金水道，再向北有邗沟和巢湖两条水路，一东一西沟通江淮;南京向南，则是水路交通的薄弱环节，金陵地势高于三吴的太湖流域，没有河流通航。通过占天斗地的人工改造，将南京与太湖水系的河道串连成线，成为弥补天然缺陷的唯一选择。吴人把工程起名为"破岗渎"，这个是真正的凿山断垄。方山是破岗渎的终点，山南筑有方山埭。埭就是横截河道的土坝。破岗渎中间高，两头低，要通过沿途上下十四埭，太湖船才能层层抬升至句容，再下航方山，经秦淮河入城，最后走运渎入吴宫。过埭时，用牛牵绳引船，要缴牛埭税，有点像高速公路收费站，在方山设有津主一人负责管理。所以古人相送，关系近、感情好的也就送到方山，由于方山距城有四十里，大多还要住一晚才依依惜别。迎来送往，客货中转，方山便热闹起来。

      方山是南京地区著名的死火山之一。山体基部坡度较缓，上部悬崖壁立，四周受雨水冲刷而沟壑纵横。约在距今300万至1000万年之间的上新世时期，方山发生过两次火山喷发，岩浆冷却凝固形成山体。山上有两层玄武岩覆盖，下面一层覆盖在第三纪中砂砾层上，厚度约54米，这是第一次喷发的玄武岩。再上又为一层玄武岩覆盖，即第二次喷发时堆积起来的。此后一直没有再喷发过。