自然资源巴南区地域广阔，地型地貌多样，自然资源丰富。
土地资源 全区土地以丘陵为主，低山次之，平地极少，分别占总幅员面积的62.27%、32.99%和4.64%。土壤类型有水稻土、紫色土、荧壤土、潮土等。人均土地面积0.213公顷。耕地面积8.56公顷，占幅员面积的46.92%，人均0.10公顷。尚有未充分利用的田土坎、荒草地、裸露石砾地等2.68万公顷可续开发利用。

植物资源 全区有植物资源近4000种。除栽植物的粮、油、蔬菜和大量经济作物品种外，经济果木有柚、柑橘、梨、枣、桃、李、杏、板栗和茶、桑、桐等。木洞镇已建成榨菜之乡，五布柚、木洞蜜枣、巴南名茶等遐迩闻名；自然植被有阔叶林、针叶林、灌木林、竹林等类型。属国家保护的植物50余种，其中二级保护品种有水杉、银杉、红豆杉等，三级保护品种有穗花杉、木荷等；区内还有大量的花卉品种和药材品种。

动物资源 区境内有动物资源数百种。除大量的畜、禽、鱼等养殖品种外，常见的野生兽类动物有狐狸、林麝、獐子、松鼠、兔子、穿山（文章转载自: http://www.gerenjianli.com/Mingren/07/ 请保留此标记）甲、野猪等；鸟类动物有鸬鹚、苍鹭、白鹭、绿翅鸭、长尾雉、猫头鹰、金鸡、斑鸠、化眉、喜鹊、乌鸦、麻雀等；还有大量的水生动物、两栖动物、爬行动物等。属国家保护的二级动物有白鹭、猫头鹰、穿山甲等。三级保护的动物有林麝、獐子、金鸡等。

水资源 全区雨量充沛，多年平均地表水径流量10.56亿立方米，地下水补给量1.05亿立方米、长江过境水流1.70亿立方米，另有流经境内的五布河等大小河流10余条，全境流域总面积1700多平方公里。区内各种水利设施5075处，总蓄水量12040万立方米，常年灌溉面积33.42万亩，有效灌溉面积25.87万亩，农业丰收有较可靠的保证。

矿产资源 区内有矿资源数十种。曾先后开发利用的有原煤、铁矿、石油、天然气、页岩、石灰石、白云石、石英砂、钾土、砂金、地热水等。全区现有多家页岩砖厂，对页岩的开发利用数量较大；地热水的出水点较多，已有东泉、南泉、桥口坝等地多处开发利用；石灰石、白云石、石英砂和钾土、砂金等资源的开采，成为了农民致富的门路之一。