水资源

扶余市多年平均入境水量为405亿立方米，地下潜水、半承压水、第三系承压水埋藏较为丰富。
土地资源

截至2012年，扶余市有耕地面积32万公顷。
矿产资源

扶余市主要有石油、天然气、油页岩，石英砂以及泥炭、粘土、河流石，还有玻璃砂、耐火土等矿产资源，东北部有近万亩盐碱地，沿江河地带沉积有大量沙石和石英砂。截至2013年，已经探明石油储量1亿吨，可开采储量8000万吨以上。油页岩总储量460亿吨，有开采价值的182亿吨。
植物资源

陆生植物资源中具有经济价值的有500多种，天然植被分布具有森林草甸和草原相间的特征，野生植物计有91科564种。其中菊科87种、禾本科52种、豆科39种、藜科28种、蔷薇科28种、其它科25种，较常见的60余科约160种。
动物资源

扶余市水生动物资源以产淡水鱼闻名省内外。野生动物有哺乳类、鸟类、爬行类、两栖类、昆虫和鱼类。