古代 

日本最早的神话书籍古事记称，日本天皇乃是日本神话中的创世之神天照大神之后裔，成为日本君权神授的依据。旧时的日本史书一直宣称天皇是万世一系的，即所有天皇都来自同一家族，日本历史上从来没有出现过王朝更迭。

事实上，中古时期的日本小国林立，最后由位日本天皇
日本天皇
于本州岛中部（奈良）的大和国家实现统一，大和也就成了日本的别称。大和朝廷成立前出现过多次王位的争夺，或许也改易过多个朝代。然而当时的历史纪录靠口头背诵神话的史官，而没有可以证明的文字史料留下，是以无由查证。仅有中国陈寿《三国志》的东夷传倭人条可做参考。然而该纪录却是转录而来，并非一二级史料，却文中可以看出中日语言误译的问题。虽在《日本国史略》中有“自天照皇太神创业垂统，而神武天皇初都中国、一统天下，历正天皇正统一系，亘万世而不革。天下即一人之天下。”一辞，不过“万世一系”四字则是到19世纪末明治维新左右才形成，写入大日本帝国宪法之中。

天皇作为日本实际最高统治者的时间并不长。自公元6世纪大和国征服本州岛和九州岛的大部分地区后，天皇的权力达到顶峰。但从10世纪开始，日本经历了摄关政治、源平相争、镰仓幕府、室町幕府、安土桃山时代、江户幕府，天皇权力被架空了近一千年的时间。直至明治天皇睦仁才重新掌权。裕仁（昭和）在位时期发动了侵略中国和亚太其他国家的大战。

近代 

日本战败后，在美国的主持下建立议会民主制。但为了顺应日本民意，允许天皇作为象征性的国家元首保留下来。1946年，美国迫使昭和天皇裕仁发表了“人间宣言”，承认天皇也与平民无异，只是受国民拥戴的国家象征。现代日本天皇的主要职责是任命首相（内阁总理大臣），批准法律、政令及条约，召集国会，批准国务大臣的任免，出席礼仪性的外事活动和国家典礼等。

早期皇陵身份成谜

天皇日本历史对天皇祖先的记载非常模糊，只说第一位天皇神武天皇，是“天照大神”的后裔，一直到第10代的崇神天皇的身份才有实际文物支持。以至于包括日本在日本天皇
日本天皇
内的许多国家的历史学家都认为，日本天皇的祖先根本不是本地人，而是中国人或朝鲜人。

而且令日本皇室和宫内厅感到尴尬的是：当初指定某一个陵（主要是指明仁天皇家族成员图表早期天皇陵）就是天皇陵时很匆忙，很多指定有误，而且修建年代无法确定，还有的无法确定陵内下葬人的真实身份。也就是说，很可能悉心供奉的所谓天皇魂灵实际是属于某个王公贵族甚至普通人的。继体天皇（日本第26代天皇）陵就是一个典型的例子。宫内厅在日本历代天皇陵要览中认为继体天皇陵是位于太田茶臼山的古坟，而学者则普遍认为继体天皇陵墓是位于日本高月市的一座古坟。