菏泽火车站老站房始建于1978年已拆除，现站房为2014年8月建成 。
菏泽火车站位于与鲁、苏、豫、皖四省交界的著名牡丹之乡山东省菏泽市中华东路，京九铁路与新兖日铁路在此交汇。是当地经济发展的重要基础保障，是鲁西南地区最大的集客、货运业务的综合站，距离济南西站240公里，距离兖州站139公里（新兖线）距离北京西站582公里，距离深圳站1790公里（京九线），直属济南铁路局管辖。

车站坚持“安全、快捷、高效”文明的服务宗旨和建设“和谐铁路”的服务理念，为广大旅客的旅游出行和货主承运货物提供优质服务，是山东省的文明车站。设施建设日新月异、蓬勃发展，而且车站经济效益、服务质量不断提高。

2014年8月5日，菏泽火车站恢复运营。新候车室、售票厅、进站天桥、站前广场已投入使用，站前广场包含四大功能分区：出租车兼社会车候车区(21600平方米，其中社会候车区，160个车位);社会车辆候车区(北区，45车位，5200平方米;南区，70车位，6200平方米);公交车候车区(7300平方米);中心景观区(15000平方米);市民活动区(5400平方米)。菏泽火车站新广场将以中华路为中轴线,分南、北两部分,可同时容纳近300辆车。其中,南半部分规划为社会车辆停放区,可同时容纳汽车300辆；北部规划设计为公交、客车停放区,可同时容纳10多个班车同时停放。并且广场与飞机场的“送客模式”类似,送客车辆将能直接进入新火车站的二级平台,把旅客直接送到入站口。届时,菏泽火车站新广场将与车站主体一起成为菏泽的新地标。[2] 目前整个广场的建设基本完成，自1月15日开始，站前广场开始投入使用，公交车和社会车辆停放、乘客进出火车站均可通过站前广场实现。