南星中学创办于1927年。当时，南安教育界先驱、水头观海小学校长吕梓材先生邀请地方贤达商议，倡议假水头朱祠为校舍创办中学。此举得到诸先贤赞许，并推举郑明新、吕尚直、吴敬忠、高长耀诸先生协助筹办。于是，南安第一所中学诞生了，定名为“南星中学”，吕梓材先生任校长。
1928年，吕梓材校长亲赶菲律宾筹集建校资金两万元，并成立“旅菲南星中学校董会”，名誉董事长为吴记藿，董事长为吕珠生，董事柯孝爻、蔡长椎、苏必辉、柯贻以、高墀圆、高铭炮、陈照火、陈照聘、王载伟、王宣化、王新秀等。
1930年首届学生毕业，升学、就业均得到社会好评。
1934年学校副董事长郑明新、校董吕达民、陈苑植等多方筹款备材，计划构筑校舍，地方贤士吕尚盒、陈坚恩、陈坚摺、陈光焦、陈照叟、高标慈、陈光耀等捐献土地，新建校舍一座（原同字壳靠西部分），成为有独立校舍的中学。
近两年来，学校先后被评为“福建省先进教工之家”、“福建省爱心单位”、“泉州市文明学校”、“泉州市绿色学校”、“泉州市实施全民健身计划纲要先进单位”、“泉州市实施素质教育先进单位”、“泉州市学校学生会工作先进单位”、“南安市五好党支部”、“南安市五四红旗团委”、“校园绿化先进单位”、“水头镇先进教育单位”等。学校体育工作较为突出。该校是福建省田径传统校之一，学生参加国家级、省级、地市级、县市级中学生运动会均获得优异成绩。1987年以来，多次被福建省评为施行《国家体育锻炼标准》先进单位。