地理位置

纳帕海自然保护区位于北纬27°49′~27°55′，东经99°37′~99°40′，地处云南省迪庆藏族自治州的香格里拉县，在香格里拉县城城西北部，距县城8公里。

地势地形

纳帕海自然保护区属于亚热山沼泽和沼泽化草甸，三面环山，山峰海拔3800-4449米。

气候

纳帕海湿地属寒温带高原季风气候区西部型季风气候。受南北向排列的山地和大气环流的影响，全年盛行南风和南偏西风。干湿季分明，11月至次年5月为明显干季，5~11 月为明显湿季。纳帕海虽位于中亚热带水平气候带内，但由于地处青藏高原的东南延伸部分，而具明显的高原气候特征，太阳辐射强，年日照时数平均 2180h，气温年较差小，日较差大，长冬无夏，春秋短，年均温5.4℃，最热月7月均温 13.2℃，最冷月 1 月均温-3.7℃， 10℃活动积温 1392.8℃，气温年较差平均 16℃，气温日较差平均可达 20℃，干季时可达 30℃。纳帕海位于多雨区与少雨区的过渡地带，年平均降水量 620mm，每年有霜期约 125 天，9 月至次年 5月有雪。

水文

纳帕海是高原季节性湖沼。夏末秋初，雨水频降，再加上青龙潭、纳曲河、旺曲河水的注入，形成大面积湖面，明水面最大时可达上千公顷。金沙江。

纳帕海是季节性天然湖泊。由一系列淡水池塘、沼泽组成，由周围山里的8条小河供水。湖水从西北隅溶洞汇入地下河，再经溶洞流往尼西乡汤姆堆排出，注入金沙江。纳帕海水量补给主要依靠降雨、地表径流、冰雪融水和湖两侧沿断裂带上涌的泉水，年均产水量25700m3。受西南季风影响，6月初形成大量降水，源自雪山森林的纳曲河、奶子河等十余条溪流汇于湖中，湖面水漫上千公顷，水深可达 4 ~ 5m;但由于石灰岩漏水，8 月后湖水退落，10月前后由于秋季季风退缩再次产生降雨，湖水再次上涨使湖面增至 3125hm2，并于 11 月后退落，湖水退落后湖面大幅度缩小，湖水从西北角的 9个落水洞泄入地下河，穿过北部小背斜，潜流 10km 后出露形成支流汇入金沙江，汇水流量变小，湖面缩小至 500hm2左右。

土壤

主要土壤类型为沼泽土和泥炭土，pH 8.02，土壤有机质含量平均85.30g/kg，全氮含量平均2.71g/kg，水解氮含量平均 324.76mg/kg，速效磷含量 3.7 ~5.7mg/kg，速效钾含量平均124.81mg/kg，属于较肥沃的土壤。