东台历史上隶属海陵县，西汉元狩六年（前117年）建海陵县（今泰州），西溪镇为海陵属地，煎盐之区。南唐昇元元年（937年）设海陵监（与县同级）驻东台场，东台之名始见于史局。明正德十五年（1520年）泰州盐运分司署移驻东台场，管理盐务，征收盐税。清雍正元年（1723年）设泰州水利同知驻东台镇，管理串场各河道涵闸及盐场一切词讼事件。乾隆三十三年（1768年）裁汰同知，分泰州东北角斜、栟茶、富安、安丰、梁垛、东台、何垛、丁溪、
草堰九个盐场和溱潼、时堰、南芗、西北四个乡设置东台县，与泰州同属扬州府。建县后，县以下基层建置，堤东为盐场灶境，堤西为都图民境，城镇为铺坊。民国元年（1912年）实行地方自治，全县划为27个市乡自治区。民国18年，实行新的县组织法，全县27个市乡改设9个行政区，下辖乡镇、闾邻。民国23年，乡镇以下改闾邻制为保甲制。民国32年抗日民主政府在根据地实行新乡制，乡以下废除保甲，实行村组制。至1949年建国前，为适应战时情况，行政区划随建置变更而迭有调整。新中国建立后，县以下设区，区辖乡镇。1958年“大跃进”时期撤区乡建置改为人民公社，下辖生产大队、生产队。1983年农村实行经济体制改革，政社分设重新恢复乡镇村组制。1987年12月17日国务院批复撤县建市（县级），当时辖12个镇、18个乡、735个行政村，其后曾经过多次乡改镇和镇村行政区划调整。2008年，东台市辖有23个镇392个村民委员会，42个居民委员会，3517个村民小组。2010年4月，部分镇村进行区划调整，调整后市域内设14个镇369个村民委员会（其中含76个农村居委会），42个居民委员会，3284个村民小组。境内驻有江苏省属弶港农场、新曹农场。