水文气候
气候

  三清山地处中亚热带，东距东海约340km，故受海洋性气候影响，属中亚热带季风气候类型，兼具山地气候特征。具有四季分明，夏季凉爽，春秋漫长，冬季雪漫群峰的特点。年平均气温为10.9℃，7~8月极端最高气温为33℃，7月平均气温为21.1℃，1月极端最低气温为-16℃，平均为-0.6℃。年平均降水量为1857.7mm，年平均蒸发量为1331.6mm，相对湿度为82%。

水文

  三清山位处长江流域中游、鄱阳湖水系之一的信江源头，地表水为沟谷溪流水系，东南面分数股顺沟而下，汇入信江；西北侧经乐安河流入鄱阳湖。山体上水源均来自雨水，降水顺着发达的构造裂隙就近排泄于沟谷，雨季水源充足，旱季水源较贫乏，季节性变化明显。地下水主要含于基岩裂隙中。

生物资源

植物

  三清山属于东亚植物区的中国—日本植物亚区中的华东地区，植物区系组成丰富，垂直分布比较明显。已查明高等植物253科984属2373种，其中苔藓植物65科165属368种；蕨类植物34科71属179种；裸子植物6科22属24种；被子植物148科726属1802种，是中国亚热带地区植物种类最丰富的地区之一，也是世界松科黄杉属的分布中心。该地区的菌类和地衣植物的分布也非常突出。三清山的植物不但物种丰富而且保存大量的珍稀品种，其中属于《国家重点保护野生植物名录》的有19种，属于《中国植物红皮书》的有19种。不仅如此，三清山还保留了许多树龄在百年以上甚至千年以上的古树。
 
名花
  三清山花开四季，其主要品种有杜鹃花、天女花、木海棠、瑞香、红茶华、玉兰、樱花、梅花、含笑、凤仙、萱草、二月兰、独蒜兰、水晶兰、黄精、百合花、山桃花、六月雪、扁枝越桔及野牡丹等。

古树
  三清山的古树名花是三清山景区自然景观四绝之一，植物资源异常丰富。根据调查鉴定，三清山的珍稀树种有三清松、白豆杉、香果树、华东黄杉、华东铁杉、福建柏、木莲、高山黄杨等。这些多为国家保护树种，不仅有很高的经济价值，而且有很高的观赏价值。

药材
  三清山地处亚热带湿润季风区，境内原始森林茂密，植被以常绿针阔天然混交林为主，因而有效地保存了大量的草本类。
  药用植物和木本类药用植物。早在1971-1978年，中国中药研究所和北京中医院中药系就派出了医疗队对三清山药用植物资源作过多次调查，其后又有其他的普查组对三清山地区作过多次调查。
  三清山有药用植物349种，隶属于124科。其中兰类植物6科7种，地衣类植物2科2种，苔藓类植物2科2种，蕨类植物14科23种，裸子植物6科8种，被子植物中双子叶植物85科272种，单子叶植物9科35种。
  从采集到的药用植物看，三清山上既有传统的中成药材，比如大血藤、厚扑、钩藤、杜仲、南沙参、前胡、括萎、细辛、麦冬、黄莲、黄精、何首乌、石耳、灵芝、忍冬、银杏、辛。

动物

  三清山已知的动物种类同植物一样具有多样性，已知的野生动物1827种，其中有脊椎动物401种，昆虫1327种。在脊椎动物中，有兽类22科67种（或亚类），鸟类47科226种（或亚类），爬行类11科49种（或亚类），两栖类8科23种（或亚类）。

  三清山野生动物不仅种类繁多，区系成分复杂，而且还栖息有大量珍稀、特有的种类。其中国家Ⅰ级重点保护野生动物有黑麂、云豹、白颈长尾雉、黄腹角雉、中华秋沙鸭、金斑啄凤碟等7种，国家Ⅱ级重点保护野生动物有猕猴、藏酋猴、穿山甲、豺、黑熊、青鼬、水獭、大灵猫、小灵猫、金猫、獐、鬣羚、鸳鸯、虎纹蛙等47种；列入《濒危动植物种国际贸易公约》附录Ⅰ的有10种，附录Ⅱ的有36种，附录Ⅲ的有10种。其中中华鼠耳蝠、藏酋猴等为三清山特有动物。