回川康主持

这年初，第七战区司令长官刘湘在汉口病故，四川政局发生波动。2月上旬，蒋介石电召邓锡侯到汉口，征询治川意见。邓锡侯呈述了三点：其一，四川是抗战后方，留驻川康的部队不少，应保留川康绥靖公署，以统率川康部队，其二，日军正猖獗进犯，战区扩大，应再抽调一些川军出川抗战，增援前方，其三，张群是四川人，熟悉四川事，建议委张为四川省主席。蒋介石基本采纳了邓锡侯的意见。2月11日，邓被委任为委员长重庆行营副主任。21日，邓又被委任为川康绥靖公署主任。稍后，邓即从前线回到四川主持川康军务。
邓锡侯回到四川主持川康军务时，川康绥靖公署的文武官员大多为刘湘的旧属，对邓怀有疑虑。他为巩固统治，安定川局，支持抗战，公开声称愿以“公、诚、和、信”四个字来对待一切嫡系、非嫡系的部属。他在一次绥靖公署处长以上的官员会上说：“我回四川继任川康绥靖主任，是为了团结川康军民，安定后方，征兵，征粮，支援前线。因为抗日战争是关系民族存亡之大事，决不能为了争权夺利影响抗战，原绥署处级以上官员一律不变动，照常供职，我只派一个参谋长和各处几个副职人员协助工作。望大家安心工作，实现安定后方，支援前线的共同愿望。”邓锡侯在以后处理军政事务时，遵守了自己的诺言，因而提高了威信，稳定了局势。此外，他还在调和国民党中央政府与川康地方以及地方各实力派之间的矛盾。另一方面，在外援交通极端困难情况下，为维持四川战时经济体制，组织兵员、武器和粮秣方面；以及争取美国、印度对四川的支援等方面，都费了许多心血。

倍受排斥

1949年10月1日，中华人民共和国成立，但蒋介石仍不甘心失败，亲自坐镇重庆，分别结集胡宗南、宋希濂、罗广文等部于川陕边和川、鄂，湘边，妄图作最后的挣扎。
此时，邓锡侯也正受到蒋介石的冷落、排斥，处于失意、徬徨的时候，他一方面看到国民党统治的最后崩溃已是指日可待，决不甘心为蒋介石集团殉葬，更加怀念往昔朱德、刘伯承，吴玉章、张澜等对自己的关照与厚望；另一方面，邓又顾虑自己的官僚、军阀身份以及参与堵截红军的历史，怕全国解放后会受到追究和歧视。就在这时，中国人民解放军第一野战军和第二野战军的有关人员，川东、川西及川康地下党的人员，民革、民盟和无党派民主人士等都先后做邓锡侯的说服、开导工作，希望他在解放大陆的最后一战中为人民立功。中共中央南方局向邓提出了关于起义的三条意见：第一，起义应按刘伯承司令员在北京广播的原则办事；第二，起义人员的财产概予保护；第三，起义后不得另立番号，不得移防，应就地维持秩序，听候中国人民解放军改编。邓锡侯完全接受了这三条原则。

川军起义

与此同时，国民党西康省主席，第二十四军军长刘文辉也接到周恩来的电示：解放大军行将西指，望刘（文辉）、邓（锡侯）、潘（文华）等川军将领团结起来，积极准备，相机配合，但不宜过早行动，招致不必要的损失。周恩来的电报对邓锡侯，刘文辉、潘文华（国民党西南长官公署副长官）的率部起义起了极为重要的推动作用。自此，他们三人更加经常地秘密聚会，分析瞬息变幻的情势，商讨对策，并联络民主力量和地方势力作好起义准备，迎接解放。
重庆解放，蒋介石仓皇逃到成都。蒋在撤离大陆的前夕，又以召开紧急会议为名，邀请邓、刘，潘到自己住地北较场，准备将他们挟持到台湾。在此紧要关头，邓锡侯等于当日上午逃出成都，在奉伯常团的护送下抵新繁县的龙桥。此时，川军将领王缵绪接受蒋介石的派遣也从成都赶到龙桥，劝说邓等回心转意，遭到严辞拒绝。为防胡宗南部的攻击，邓等遂转赴彭县。
田颂尧，第95军中将军长黄隐，川陕鄂边区绥靖公署副主任陈兰亭以及四川省财政厅长、省银行董事长邓汉祥等。

解放四川

在邓锡侯、刘文辉、潘文华、陈兰亭率部起义的配合下，四川省会成都市终于实现了和平解放。30日，邓等起义将领和成都市人民群众一起，热烈欢迎人民解放军第一野战军贺龙司令员，王维舟副司令员率部胜利入城。

解放后

解放后，邓锡侯先被任命为西南军政委员会委员兼水利部部长，后任西南军政委员会副主席。1952年后，西南军政委员会和川西、川东、川南、川北四个行署区裁撤，恢复四川省的建制，邓锡侯被任命为四川省人民政府副省长。1954年后，邓又历任一、二、三届全国人民代表大会代表， 中华人民共和国国防委员会委员，以及中国国民党革命委员会中央委员。中国国民党革命委员会四川省委员会副主任委员等职。1964年3月30日，邓锡侯在成都因病逝世，享年七十五岁。