清朝时期

参见：和卓、清朝治疆历史、回疆、准噶尔、大小和卓叛乱

清朝初年，西域为蒙古准葛尔部所统治，其首领为噶尔丹，他利用武力兼并了蒙古和清前期巩固西北形式[23]

硕部和厄鲁特部，并把土尔扈特部排挤到了俄国的伏尔加河流域。[2]

1697年，清军击败了准噶尔，控制了新疆东部。18世纪初，准葛尔贵族乘机作乱，乾隆皇帝于1755年派出平叛大军，最后彻底消灭了准葛尔汗国，统一了西域。[2] 乾隆帝把这片土地命名为“新疆”，取因“故土新归”之意。

准葛尔平定后，穆斯林教派的头面人物伊敏和依沙克，史称“大小和卓”于1757年又在库车成立了“巴图尔汗国”公开与清政府抗衡，分裂中国。1759年清政府派兵直捣大小和卓的大本营叶尔羌和喀什噶尔，再次平定了这次叛乱，统一新疆。[2] 从此完全确立了清朝对新疆的稳固统治，回部之前在准噶尔暴力统治之下。而准噶尔部被灭族也直接导致新疆及中亚部分完全伊斯兰化。 [2]