1755—1757年，清朝统一西北地区，解除了哈萨克汗国来自准噶尔贵族的威胁。大清代的纪功碑[25]

、中、小三个玉兹，曾先后表示归顺清朝，部分牧民迁回阿勒泰、塔城、伊犁地区放牧。清朝平定准噶尔后，要求归附的不仅仅是哈萨克和布鲁特，葱岭以西的各部落，如浩罕、今新疆西部的巴达克山、帕米尔、布哈尔、山克、塔什干、爱乌罕（阿富汗）等纷纷表示归附。[19]

十八世纪六十年代以后，清朝政府为进一步加强新疆边防，从东北陆续抽调满、锡伯、索伦（达斡尔）等族官兵驻防新疆，他们成为新疆少数民族中的新成员。以后，又有俄罗斯、塔塔尔等民族移居新疆。至十九世纪末，新疆已有维吾尔、汉、哈萨克、蒙古、回、柯尔克孜、满、锡伯、塔吉克、达斡尔、乌孜别克、塔塔尔、俄罗斯共13个民族，以维吾尔族为主体，形成了新的多民族聚居分布格局。[4-5]

1820年到1828年，大和卓之孙张格尔在浩罕封建统治者与英国殖民者怂恿支持下，3次潜入南疆发动叛乱。[19]