参见：清军收复新疆之战

为了维护中国统一，清政府以左宗棠为首的塞防派，力主收复新疆，1875年，清朝陕甘总督左宗棠就任钦差大臣，督办新疆事务，并于同年率八万大军进军新疆。[10] 到1877年底，清军陆续收复了中亚浩罕汗国阿古柏侵占的天山南北诸地，史称“清军收复新疆之战”。 其后沙俄又借口伊犁农民起义和阿古柏势力威胁到俄国安全，打着保护和代守的旗号，公然出兵占领伊犁。新疆面临为外国瓜分侵占的危险。[19]

1878年终于收复了除伊犁地区以外的全部新疆领土。中俄《伊犁改订条约》签定后，清政府收回了被沙俄占领长达11年之久的伊犁地区和大部分领土，但霍尔果斯以西的一万多平方公里的土地仍归俄国所有，并且留下了一个的“帕米尔问题