今南通市海安县西部、如皋市西北部约在6500多年以前即已成陆，1973年在海安县西北沙岗公社青墩大队发现大量新石器时代遗物，说明远在新石器时代就有人类在这一地区生息活动。根据文献记载，3000年前这一带属邗国，吴王夫差灭邗，北霸中原，"封其民江淮间"。西汉时，吴王刘濞在此制盐。西晋末，永嘉丧乱，北方地区人口避战乱大举南迁，有一部分迁至海陵。五世纪起，今南通南部出现壶豆洲（又作胡逗洲），为长江口的沙洲。胡逗洲附属海陵。唐初，胡逗洲作为盐亭场，属扬州广陵郡。《太平寰宇记》亦有"胡逗洲上多流人，以煮盐为业"的记载。唐玄宗开元十年（公元722年）设置盐官，属扬州海陵县，隶淮南道，不久由于军事上的需要，狼山为浙江西道节度使管辖，狼山北的胡逗洲也就成为浙江西道常州的辖地了。《大唐和上东征记》记述了唐玄宗天宝七年（公元748年）鉴真和尚第五次东渡日本时过"常州界狼山"的事。唐时的胡逗洲已是一块东西80里、南北35里的大沙洲。公元10世纪初，胡逗洲与另一个沙洲-南布洲连成一片，整个沙洲扩至今南通海门一带。北宋庆历年间（公元1041-1048年）东布洲（海门岛）又与陆地连成一片。唐末五代时的南通为军阀割据，姚存制据胡逗，东布二洲，为五代扬吴治下的东州镇遏使。公元937年，南唐代吴，立静海都镇制置院。后周显德三年（公元956年），后周引兵取南唐长江以北地，五年（958），升静海都镇为静海军，属扬州，旋改通州，析其地为静海、海门二县，州治在静海。同年，后周静海制置巡检副使王德麟在通州筑城"立四门，周六里七十步，六年甃以陶甓，以北门地僻多盗，立壮健营镇之。"这是南通正式建城的开始。 北宋时，狼山已渐与陆地相连，今南通的大部分土地均已成陆。当时通州属淮南东路。天圣年间，一度因避讳而改称崇州。宋徽宗政和年间，"知州郭凝塞北门，改壮健营为玄武庙"。政和七年，通州一度升为静海郡。

南宋末，通州一度治于金元之手，特别是第二次蒙古人入城，屠杀酷烈。元初仍设通州，改属扬州路，至元年间（1264-1295年）升为路，不久又改为州。

明代通州属扬州府，万历二十六年（1598年）知州王之城以军山、剑山之石，代砖筑新城，南以望江楼为门，北连旧城，使成唇齿之势，新旧两城似葫芦，故又有葫芦城之称。新城在清康熙以后，年久失修，逐渐荒废，但新城之外护城河犹存其形。

清初称通州，雍正三年（1724年）升为直隶州，为别于直隶顺天府的通州，故称南通州，属江苏布政使司，下辖如皋、泰兴二县（今海门当时为海门厅）。1912年，通州改县，为与河北的通县相区别，改名南通县。

随着南通古代渔、盐业的发展，农业的振兴，南通的古代经济逐步繁荣，居民聚落随之出现，南通历史上的县级城市也逐步建立。唐代以前南通地区以县为最高地方行政单位，五代以后曾设有路、州、直隶厅、军、监、县几种地方行政单位。如静海军、通州路、利丰监等。军，是一种带有军事性质的行政设置，体现了当年南通一带的军事地位。监，是生产性的行政设置，南通的"监"主要管理盐业生产。明清时的"州"有散州与直隶州之分。明代通州为散州，亦称属州，是府的下属单位，其地位略高于县。清代雍正以来通州为直隶州，直属布政使司，其地位与府相当。直隶厅与直隶州地位相同。

东晋安帝统治时期，南通范围内曾有宁海、临江、蒲涛、如皋等县，后又增设海安县，到周、隋时期这些县多被撤并。

唐代，胡逗洲得到开发。僖宗乾符二年（875），南通已有狼山镇遏使的职位。后来，五代吴国曾设丰乐镇、大安镇、崇明镇及狼山镇。五代时直接统治静海与东洲一带的是姚氏家族。姚彦洪建筑城池官廨，号称"静海都镇"，统辖狼山、丰乐、大安、崇明四个大镇。

后周显德三年（956），周军压境，姚氏政权控制东洲、静海约半个世纪的局面结束。显德五年（958）初，后周设立静海军，不久升静海军为通州（今南通市），并设静海、海门两县归通州管辖，州治驻静海。通州，按其位置来看，由海路北上可达齐燕辽东，南下可抵闽越，沿江南可至三吴，西可到楚蜀。四方通达，因以为名。通州宋代属淮南东路，天圣元年（1023）通州改名为崇州，又称崇川。政和七年（1117）通州一度称静海郡。元初至元十五～二十年（1278～1283），通州曾升为通州路，二十一年恢复为州，属扬州路。崇明县曾短时间归属通州，后又划属苏州。明初，静海县废，此后，通州只管辖海门一个县。清康熙十一年（1672）海门县废，通州无属县，至雍正二年（1724），通州升为直隶州，划如皋、泰兴二县归通州管辖，这种隶属关系一直维持到清统治结束。乾隆三十三年（1768）设立海门直隶厅，直属江苏省管辖。

南通在历史上有好多名称，如静海都镇、静海军、通州、通川、崇州、崇川……每个名称都有由来，反映了南通建置的变化和城市的发展。

五代时期胡逗州已与大陆涨连，其东方还有东洲、布洲、顾俊沙等较大的沙洲，吴国和南唐时统治这一带的是姚姓家族。姚氏的几个掌权者，姚制官称东洲镇遏使、其子姚廷珪官称东洲静海军使，廷珪之侄姚彦洪有静海都镇遏使及静海制置使的头衔，还有官称东洲静海都镇遏使的姚存。这一带有了"静海"的地名，曾称静海都镇。后周显德五年（958），周军攻克淮河以南的地方，建立了静海军，不久又升为通州，设静海、海门两个属县，通州的名称从此用了近千年。

宋乾兴元年（1022）年幼的皇帝登位，不能料理朝政，由刘太后执掌国家大权，刘太后之父名叫刘通，太后用皇帝名义下令全国，凡地名有"通"的，应改名避讳，第二年，即天圣元年（1023）通州改称崇州，又称崇川。明道二年（1033），刘太后死去，刘家失去权势，皇帝又下令停止避讳，通州仍用原名。政和七年（1101）通州一度升为静海郡。通州另有别称，名叫通川，现在可见到通州最早的地方志志名便是《通川志》。通州建州时有静海、海门两个下属县，静海县为通州州治所在地。

元朝至元十五年（1278）元军占领通州，升为路，称通州路。至元二十一年（1284），又恢复为州，属扬州路管辖。明洪武二年（1369），废去静海县，通州除管辖海门县外还管理原静海县的辖地。明代以前通州的范围约在今南通市市区及通州、海门、启东三市一带。明代海门县受到海潮冲蚀，渐渐坍没，被迫四次迁移县治，清康熙十一年（1672），海门县境留吕四一角外，其余坍入江中，便废海门县，改为海门乡。清雍正二年（1724）通州升为直隶州，与府平级，先后属江苏、江宁布政使司管辖，为此把泰州的两个属县如皋、泰兴划属通州。到了乾隆年间，通州东部海域里的沙滩涨起，乾隆三十三年（1768）设海门厅，属江宁布政使司管辖，为今海门市的前身。海门乡为避免地名相混，改称静海乡，仍属通州。1912年中华民国成立后，州改为县，河北原也有通州，改称通县，为避免地名重复，江苏的通州改为南通县，与其他县之间不再有领属关系。

1949年2月2日，南通县全县解放，同日，实行南通市、县分治，城区、郊区和港闸区划归南通市，市区面积120.65平方公里，人口21.41万。2月5日，南通市人民政府成立。南通县的县治另设在金沙镇。

南通市初为专区辖市，1950年5月改为苏北行署直辖市。1953年1月改为江苏省人民政府直辖市。南通市周边的海安县、如东县、如皋县、南通县、海门县、启东县至1950年1月俱属南通专员公署管辖。1983年3月1日，根据国务院的决定，江苏省实行市管县新体制，海安等六县划归南通市领导，8月，南通市所辖为六县二区，市区设二区为城区和郊区。1989年起，启东、通州、如皋先后撤县建市，仍受南通市管辖。1990年，市区由城郊分设的二区体制，调整为城乡一体的二区体制并适当扩大范围，另设富民港办事处，城区将唐闸、天生港两镇划出，新增狼山镇及任港、钟秀、八厂三乡，1991年江苏省政府通知，正式改名崇川区。

南通位于江海交汇处，正当长江入海口，是由长江北岸的古沙嘴不断发育、合并若干沙洲而成，属长江下游冲积平原。6000年前，长江水从上游夹带大量泥沙不断沉积在江口，南通由此成陆，并逐渐自西向东、向南延伸扩展，海安最早，如皋渐次。南通市区和附近地带古称胡逗洲，唐代是一块东西约40公里、南北约17.5公里的岛屿，与海安、如皋等地夹江相望，后不断淤涨、并接、连成一片。

全境地域轮廓东西向长于南北向，三面环水，一面靠陆，似不规则的菱形状。地势低平，地表起伏甚微，高程一般在2.0～6.5米，自西北向东南略倾斜，按其地理位置、成陆先后、地貌显示及成因可分为狼山残丘区、海安里下河低洼泻湖沉积平原区、北岸古沙嘴区、南部平原和洲地、三余海积平原区、沿海新垦区等。平原辽阔，水网密布是其显著特征。

南通主要有四大土类，分别为潮土、盐土、水稻土和棕色石灰土。潮土占耕地总面积的86.86%，分布于江北岸古沙嘴延伸的古沙洲平原上，成土年龄远的均有5000年，近的只有一二百年。盐土占总耕地面积的3.71%，主要分布在海安、如东、通州、海门、启东等县(市)堤岸内侧的带状区域，盐土土体及浅层地下水含有较多的可溶性盐分，影响作物正常生长。长期以来，经引淡淋盐，改造土壤，含盐量自东向西逐渐降低。水稻土占总耕地面积的9.43%，主要分布在里下河洼地古泻湖相沉积平原区和中部古河汊水网平原区。棕色石灰土则分布在市区南郊五山地带。