今南通境域按地理变化和历史渊源大致分为北、南两部。今南通北部的海安、如皋一带，春秋战国时期历届吴、越、楚等国地域，东晋义熙七年（411年）置宁海、如皋等县，属海陵郡，这是北部地区建县之始。今南通南部旧称通海地区。五代十国时姚氏家族统治胡逗洲（今南通城区）。后周显德五年（958年），周世宗克南唐静海，改为通州，上隶扬州，领静海、海门两县，这是通州建州之始。自此以后至清军人关（1644年），除一度属淮南东路外，通州基本属扬州（扬州路、扬州府）管辖。

清顺治元年（1644年），清军人关。次年七月南下占领通州。康熙十一年（1672年），海门废县为乡，并入通州。雍正二年（1724年），通州升为直隶州，隶属于江苏布政使司，领泰兴、如皋两县。乾隆二十六年（1761年），改属江宁布政使司。乾隆三十三年（1768年），割通州19沙、崇明11沙及新涨的天南等41沙设海门直隶厅。

清宣统三年九月十八日（1911年11月8日），通州官绅响应武昌起义，宣告通州脱离清王朝统治，次日成立军政府。民国元年（1912年），江苏临时省议会决议通州废州设县，改称南通县，行政区划同宣统时的13市、8乡。民同十六年（1927年）5月，同民革命军（北伐军）抵南通，推翻北洋政府南通县知事公署，成立中华民国（南京国民政府）南通县政府，属汀苏省政府管辖。