二十三年（1934年），江苏省行政第七区（后改为第四区）专员公署设于南通城，下辖南通、如皋、海门、启东、崇明5县。1938年3月，日本侵略军侵占南通城，建立伪政权，国民党南通县政府先后迁至金沙、北兴桥，专员公署先后迁至马塘、掘港。

1940年11月，新四军东进通如海启地区，随即按照“三三制”原则建立南通、如皋、海门、肩东四县抗日民主政府。1941年3月，成立苏中第四行政区专员公署，1945年12月和1946年8月先后建立苏皖边区第一、第九行政区专员公署。

1945年8月，日本宣布无条件投降。又经过3年半的解放战争，1949年2月，南通城解放。华中行政办事处决定，划南通城、唐闸镇、天生港镇、陆洪闸和近郊农村成立南通市，隶属苏皖边区第九行政区，行署机关驻南通市。当年5月，第九行政区改称苏北南通行政区。

建国后：①析南通县城区、港闸地区及近郊置南通市，其余长江以北大部仍为南通县，南通县城迁至金沙镇（长江以前部分为沙洲县）；②析海门县东部（另划入南通县东部，崇明县北部）置启东县，其余大部（另划入南通县的东南部）仍为海门县；③析如皋县东部置如东县，北部（另划入东台的西部）置海安县，其余（另划入南通县的西北部）仍为如皋县。

1950年5月，南通市升格为苏北行署直辖市。1953年1月起，南通市为江苏省辖市，同时建有南通区（同年4月起改称专区，1978年7月起改为地区）。其中“市”管辖城区、郊区，专区（地区）管辖海安、如皋、如东、南通、海门、启东、崇明7县（其中崇明于1958年11月划归上海）。地、市并行的体制一直延续到80年代初。1983年3月，国务院决定，撤销南通地区行政公署，原行署所辖6县归南通市领导，市管县的体制延续至今。

1989年以后，南通市属有四个县撤县建市：撤南通县建通州市（县级）、撤启东县建启东市（县级）、撤海门县建海门市（县级）、撤如皋县建如皋市（县级），四县级市计划单列仍由南通市代管。

2009年2月，撤通州市设南通市通州区。

2013年3月，南通下辖的如皋市调整行政区划，将20个镇调整为11个镇、3个街道。