极乐律院不是汉传佛教的产物，而是藏传佛教的喇嘛和尚来主持之后才发展壮大的。看同治年间的地方志，里面并没有一个极乐律院，但是却存在一个马神庙。且位置等极其相称一致。如果在当时极乐律院甚为牛叉，估计县令不会是瞎子看不见的。

光绪年间，爱新觉罗·载恬，对此甚为关注，特地颁布圣旨，予以钦赐，此处马神庙才改建成极乐律院。今天看来其很多建筑物甚为奇怪，很哟特色，其实是我们对藏传佛教了解不多所造成的。如果我们稍微关注一下藏传佛教的建筑，就会发现其中的奥妙。对于古文物，既不要过于忽视其存在，也不要过分吹嘘其价值。别学考古专家，明明是明朝的，就说或许是秦朝的，明明是近代的，说或许可能是乾隆时期的。明明不是秦始皇陵，偏偏说就是秦始皇陵。其实说实话也不一定会掉饭碗的。

这个寺院，一直到1929年的时候，还是藏传佛教的和尚在主持。藏传佛教分为黄白二支，这个主持是藏传佛教的黄教僧侣。这点也是需要特别点明的，否则会看不清楚。在改建成极乐律院之前，这个寺庙已经初具规模，但是还没有我们想象中的那么厉害，只是光绪给下了一道圣旨，所以身价倍增了，与五台山看齐。光绪年间，当时宿迁经历了长崎战乱如太平军、捻军等，人口很少，所以顺便也就赏赐了很多土地。当然是不纳税的，只需三年缴纳一次贡品即可。因为是钦赐，所以极乐律院身价倍增，顺便就代为管理了周边的很多寺院。所以极乐律院就有很多下院。在爱新觉罗氏看来，江南人民对于满人早有不满，特地设置了这个寺院，暗地监视当地民众言论。同时很多反清义士曾经借助寺院逃避清朝官兵，所以特地设置了这样一个埋伏。

极乐律院因当家和尚以"极乐世界"为佛教显词，故将马神庙改为极乐庵。继又因法名"占一"的主持僧人宗承佛教"律"派，又将极乐庵改为极乐律院。光绪年间，该院获得皇帝加封，赐《藏经》一部，并赐封号为"敕赐极乐律院"。

极乐律院从清朝康熙年间开始大规模增建。其房屋建筑形制，初起沿中国传统的"三院九进"制，后不断增置殿宇，逐渐打破这一形制。历经嘉、道，至清末，发展到鼎盛时期为五进院落，占地数十亩，房屋近千间，常住僧众六七百人，城外拥有耕地十万亩。庙内院落，每进除主殿楼外，左右各有配殿楼，其高低宽长与正殿相适应，建筑宏伟，殿宇楼台鳞次栉比，蔚为壮观。偏院及路南建有库房、香橱、僧塔院、园林、茶园以及草园、马厩，布局合理、结构优美。时为苏北最大的佛教律院，同时领南京古林寺寺序，称古林寺为上院，开办十方常住。宿北的五华顶，徐州的云龙山，清江的普应寺，均为极乐律院的下院。清末江浙一带流行"上有五台山，下有极乐庵"之语，其"极乐庵"就是指宿迁的极乐律院。